Tomás Garnet fue sobrino del famoso sacerdote jesuita, P. Enrique Garnet, e hijo del señor Ricardo Garnet, católico fiel y alumno distinguidísimo de Balliol Collage, de Oxford. Tomás recibió su primera educación en la Escuela Primaria de Horsham, pero a la edad de dieciséis o diecisiete años, fue enviado a Francia para que completase su educación en el recién inaugurado colegio de Saint Omer. En enero de 1595, Tomás y varios de sus compañeros se embarcaron con destino a España, pero no fue sino hasta catorce meses después, tras una serie de calamidades, incluida una temporada de cárcel en Inglaterra, cuando arribó a su destino: el colegio de los jesuitas ingleses en Valladolid. Ahí terminó su curso de teología y fue ordenado sacerdote. Inmediatamente se le asignó a la misión de Inglaterra, junto con el beato Marcos Barkworth. Tal como él mismo declaró durante su proceso, su existencia en los seis años siguientes queda cabalmente descrita con sus propias palabras: «Anduve errante de un lugar a otro para rescatar almas que se habían desviado y se hallaban perdidas en el error en cuanto a la doctrina de la verdadera Iglesia católica».
Fue detenido cerca de Warwick, poco después del descubrimiento del «Complot de la Pólvora» (Gunpowder Plot), un famosa tentativa fracasada de derribar a Jacobo I, a partir de la cual se recrudecieron las medidas contra los católicos, aunque no hayan tenido, como en este caso, participación en el complot. Primero, se le encerró en la prisión de Gatehouse, y después, se le trasladó a Newgate. Como se había hospedado en la casa del señor Ambrose Rookwood, quien se hallaba complicado en la conspiración y, en vista de su parentesco con el padre Enrique Garnet, se pensó que podría suministrar importantes informaciones sobre el caso; pero ni las amenazas del tormento, ni el riguroso interrogatorio a que fue sometido, pudieron arrancarle alguna afirmación comprometedora. Al cabo de ocho o nueve meses, los que Tomás pasó en una celda húmeda, sin otro lecho que el duro suelo, fue deportado a Flandes con otros cuarenta y seis sacerdotes. Mientras se hallaba en Inglaterra, Tomás fue admitido en la Compañía de Jesús por su tío y, durante su destierro, se refugió en Lovaina para hacer su noviciado. Al año siguiente, en septiembre, regresó a Inglaterra. Seis semanas más tarde, fue entregado a sus perseguidores por un sacerdote apóstata.
Aquella vez, inmediatamente después de su detención, fue procesado en el tribunal de Old Bailey, donde se le declaró culpable de alta traición, por haber recibido la ordenación de manos de una autoridad que dependía de Roma y por haber desafiado la ley al regresar a Inglaterra. En el curso del interrogatorio, no llegó a confirmar ni a desmentir que fuese sacerdote, pero se negó resueltamente a hacer el juramento de fidelidad a la supremacía real. Por la declaración de tres testigos en el sentido de que, mientras estuvo preso en la Torre, le habían visto firmar como «Padre» Tomás Garnet, fue declarado culpable y condenado a muerte. Desde el cadalso, proclamó que era sacerdote y jesuita, y explicó que, si no lo había admitido durante el juicio, fue en razón de no aparecer como su propio acusador y obligar a los jueces a condenarle contra su conciencia. El conde de Essex y otros personajes hicieron un último intento para convencerlo de que salvara su vida, pero él persistió en su negativa de tomar el juramento. Al retirarse la carreta para dejar al mártir colgado de la cuerda, aquellos personajes no permitieron que el verdugo comenzara a cortarle el cuerpo, hasta comprobar que estaba muerto. Fue canonizado en 1970 por SS Pablo VI.
Pueden encontrarse abundantes informaciones sobre santo Tomás Garnet en el REPSJ., vol. II, pp. 475-505, de Foley.