Rafael nació en Burgos (España) el 9 de abril de 1911, de una familia de buena sociedad y hondamente religiosa. Allí mismo fue bautizado y confirmado, y también inició sus estudios en el colegio de los Padres Jesuitas, recibiendo por primera vez la Eucaristía en 1919. En estos años recibió la primera visita de la que había de ser su asidua compañera: una enfermedad de fiebres colibacilares, que le obligaron a interrumpir sus estudios. Recuperado de ella, su padre, en agradecimiento a lo que consideró una intervención especial de la Santisima Virgen, a finales del verano de 1921 le llevó a Zaragoza, donde le consagró a la Virgen del Pilar, hecho que no dejó de marcar el ánimo de Rafael.
Trasladada su familia a Oviedo, allí continuó sus estudios medios, en el colegio de los Padres Jesuitas, matriculándose al término de los mismos en la Escuela Superior de Arquitectura de Madrid, donde supo juntar al estudio una ardiente y asidua vida de piedad. Con una inteligencia brillante y ecléctica, Rafael estaba dotado de destacadas dotes para la amistad y buen trato. Estaba también dotado de un carácter alegre y jovial, deportista, rico de talento para el dibujo y la pintura, le gustaba la música y el teatro. Pero a la vez que crecía en edad y desarrollaba su personalidad, crecía también en su experiencia espiritual de vida cristiana. En Madrid, durante los estudios universitarios de arquitectura, había introducido en su horario de estudio una larga visita diaria a «el Amo» en la Capilla del Caballero de Gracia, y participaba puntualmente a su turno de Adoración Nocturna.
En su corazón bien dispuesto a escuchar, Dios quiso suscitar la invitación a una consagración especial en la vida contemplativa. Habiendo tomado contacto con la Trapa de San Isidro de Dueñas, fue fuertemente atraído por lo que sintió ser el lugar que correspondía a sus íntimos deseos. Así, en diciembre 1933 truncó finamente sus cursos en la universidad, y el 16 de enero 1934 ingresó en el Monasterio de San Isidro. Después de los primeros meses de noviciado y la primera cuaresma transcurridos con entusiasmo en medio de las ásperas austeridades de la Trapa, de improviso Dios quiso probarle misteriosamente con una penosa enfermedad: una aguda diabetes sacarina, que le obligó a abandonar de prisa el Monasterio, y regresar en familia para ser cuidado adecuadamente por sus padres. Vuelto a la Trapa apenas restablecido, la enfermedad le obligó abandonar varias veces el monasterio, adonde otras tantas veces volvió en aras de una respuesta generosa y fiel a lo que sentía ser el llamado de Dios.
Santificado en la gozosa y heroica fidelidad a su vocación, en la aceptación amorosa de los planes de Dios y del misterio de la Cruz, en la búsqueda apasionada del Rostro de Dios y fascinado por la contemplación de lo Absoluto, en la tierna y filial devoción a la Virgen Madre -la "Señora" como le gustaba llamarla- consumó su vida en la madrugada del 26 de abril de 1938, recién estrenados los 27 años, siendo sepultado en el cementerio del Monasterio, y después en la Iglesia Abacial. Pronto voló imparable su fama de santidad allende los muros del Monasterio. Con la fragancia de su vida, sus numerosos escritos ascéticos y místicos continúan difundiéndose con gran aceptación y bien para cuantos entran en contacto con él. Ha sido definido como un gran místico del siglo XX. El 19 de agosto de 1989 el papa Juan Pablo II, con ocasión de la Jornada Mundial de la Juventud en Santiago de Compostela, le propuso como modelo para los jóvenes del mundo de hoy y el 27 de septiembre de 1992 le proclamó beato. Con la canonización el papa Benedicto XVI le ofrece como amigo, ejemplo e intercesor a todos los fieles, pero sobre todo a los jóvenes.
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