Perfecto nació en Córdoba, durante la época en que la ciudad española estaba ocupada por los moros y se educó en la comunidad de sacerdotes que servían en la iglesia de San Asisclo. Se dedicó de manera muy especial al estudio de las Sagradas Escrituras. Ordenado sacerdote, dedicó su tiempo a instruir y consolar a los fieles que gemían bajo el yugo de sus opresores. Cierto día fue detenido en la ciudad por unos árabes que le obligaron a decir lo que pensaba sobre Jesucristo y sobre Mahoma. Perfecto les explicó lo que la Iglesia enseña sobre la divinidad de Nuestro Señor y sobre su misión de Redentor del género humano. En cuanto a Mahoma, guardó cierta reserva para no irritarlos; pero en vista de que ellos le invitaron a que se expresara con libertad sobre el profeta y le prometieron no enfadarse, les declaró que los cristianos veían en Mahoma a un falso profeta y concluyó su discurso con una exhortación para que salieran del estado de condenación en que los había sumido la doctrina mahometana. Los moros, al oír aquella declaración, no pudieron contener su ira, pero como habían prometido no irritarse, se contentaron con volverle la espalda y dejarle con la palabra en la boca.
Sin embargo, mientras Perfecto regresaba en paz a su comunidad, los moros se confabularon para buscar los medios de vengar a su profeta. Considerando que después de un tiempo ya no estaban ligados a su promesa, dejaron pasar unos días y apostaron gentes en torno a la casa de Perfecto para que le aprehendiesen en la primera oportunidad. Los emisarios se apoderaron del sacerdote y le condujeron ante el juez de los moros como reo de blasfemia. Cargado de grillos y de cadenas, lo arrojaron en una mazmorra para que aguardase allí el día de la pascua árabe, fecha en que sería inmolado. En el intervalo, Perfecto se preparó para el martirio con ayunos y oraciones. El día de la fiesta árabe, lo sacaron de su cárcel y lo llevaron al lugar de la ejecución. Al momento de expirar, el mártir confesó de nuevo a Jesucristo y maldijo a Mahoma y al Corán, era el 18 de abril del 850. Los cristianos recogieron su cuerpo y lo sepultaron en la iglesia de San Asisclo, en donde le tributaron los honores debidos a los santos.
Usuardo inscribió el nombre de Perfecto en el Martirologio Romano. Acta Sanctorum, 18 de abril, trae el extracto del Memorial de los santos, de san Eulogio de Córdoba, fuente única para todod este grupo de mártires.