Eusebio califica a este prelado de excelente maestro de la religión cristiano y gran obispo, y dice que fue admirable por su virtud y su conocimiento de la Sagrada Escritura. San Pedro sucedió a san Teonás en la sede de Alejandría el año 300. Gobernó esa iglesia durante doce años. En los últimos nueve de su gobierno, tuvo que hacer frente a la persecución de Diocleciano y de sus sucesores. Pedía constantemente a Dios que otorgase a él y a sus fieles la gracia y el valor necesarios, y exhortaba a los cristianos a mortificar su voluntad para estar preparados a morir por Cristo. Con su ejemplo y su palabra reconfortaba a los confesores del cristianismo, de suerte que fue el padre de muchos mártires que sellaron con su sangre el testimonio de su fe. La vigilancia y solicitud del santo se extendían a todas las diócesis de Egipto, Tebaida y Libia. Como en esa vasta región hubo numerosos cristianos que apostataron, san Pedro publicó catorce cánones sobre la manera de tratar a los apóstatas que querían reconciliarse con la Iglesia. Más tarde, toda la Iglesia de Oriente adoptó esos cánones.
Con el tiempo, san Pedro tuvo que esconderse fuera de Alejandría. Durante su ausencia se produjo el cisma meleciano (diferente del cisma meleciano que estalló en Antioquía, cincuenta años más tarde y que tuvo mayor importancia). No sabemos exactamente qué fue lo que sucedió. Según parece, el obispo de Licópolis, llamado Melecio, empezó a apropiarse las funciones de metropolitano, que correspondían a san Pedro, y ordenó sacerdotes en algunas diócesis cuyos obispos vivían aún, pero estaban escondidos. Para justificar su proceder y aparecer como un defensor de la disciplina, Melecio empezó a difundir ciertas calumnias sobre san Pedro, y aun llegó a decir que éste se había mostrado demasiado indulgente con los apóstatas. Con ello, provocó el cisma que turbó a toda la Iglesia de Egipto, precisamente en los momentos en que los cristianos necesitaban de toda su energía para hacer frente a la persecución. Como Melecio se obstinase en su error, san Pedro no tuvo más remedio que excomulgarlo. Desde el sitio en que se hallaba escondido, el santo continuó administrando su diócesis y alentando a los fieles perseguidos, hasta que por fin pudo regresar a su sede. Pero muy poco después, estalló la persecución de Maximino Daia, césar del Oriente. San Pedro fue capturado inopinadamente y ejecutado sin juicio previo. El Martirologio Romano hace mención de otros tres obispos, Hesiquio, Pacomio y Teodoro, y de un número indeterminado de fieles egipcios a los que «la espada de los perseguidores abrió las puertas del cielo», recuerdo que evoca muchos martirios ocurridos entre el 305 y el 311, pero de los que carecemos de más detalles.
En Egipto se llama a san Pedro «sello de los mártires», porque fue el último de los mártires de Alejandría. También se le llama algunas veces «el que atravesó el muro». La «pasión» griega, aunque carece de toda autoridad histórica, explica así este curioso título: cuando san Pedro fue arrestado, los cristianos se apelotonaron a la puerta de la prisión para rogar por él, y se negaron a retirarse. Al llegar la orden de ejecución, la muchedumbre era tan numerosa, que los oficiales encargados del ajusticiamiento no podían pasar. Entonces, decidieron abrirse paso a sangre entre la multitud. Pero san Pedro se entero de las intenciones de sus verdugos y, para no ser ocasión de tal carnicería, mandó decir secretamente al comandante que perforase el muro de la prisión y le sacase por ahí, durante la noche. Así se hizo, en efecto, y la lluvia y el viento impidieron que la multitud oyese el ruido que hacían los trabajadores. San Pedro instó a los guardias a darse prisa para evitar que la multitud se diese cuenta y fue ejecutado sin que ninguno de los fieles lo supiese.
Existen varias versiones griegas y latinas de una supuesta pasión de san Pedro, pero no merecen crédito alguno. Véase Delehaye, Comentario sobre el Martirologium Hieronymianum, pp. 620-621. Por otra parte, Eusebio, en Historia Ecclesiastica, libs. VII, VIII y IV menciona varias veces a este mártir; y el antiguo Breviarium sirio dice el 24 de noviembre: «En Alejandría la Grande, el obispo Pedro, antiguo confesor». Aunque el santo escribió mucho, sólo se conservan algunos fragmentos de sus obras. Hay pruebas de que san Pedro fue muy venerado desde antiguo; por ejemplo, su nombre figuró muy pronto en el Typikon de Jerusalén. Cf. Tillemont, Mémoires, vol. y, pp. 755-757; Bardenhewer, Geschichte der altkirchlicen Literatur, vol. II , pp. 203-211. En Quasten, Patrología, I, puede leerse una reseña biográfica de Pedro, coincidente con la que presentamos, y un catálogo de sus obras, con lo que puede deducirse de su pensameinto a partir de los fragmentos que se conservan.