Otón pertenecía a la familia suaba de Mistelbach. Siendo todavía joven, recibió la ordenación sacerdotal e ingresó al servicio del emperador Enrique IV, quien con el tiempo le nombró su canciller. En las luchas entre el sacerdocio y el imperio, Enrique IV apoyó a un antipapa. San Otón hizo cuanto pudo por conseguir que se arrepintiese y se sometiese al Papa y se negó a aprobar el cisma y otros crímenes del emperador, sin dejar por ello de secundar sus medidas políticas cuando le parecían justas. Enrique le nombró obispo de Bamberg en 1102, pero Otón se negó a recibir la consagración hasta que pudo ir a Roma, varios años después, y aceptó el episcopado de manos del papa Pascual II. Enrique V, el sucesor de Enrique IV, parecía inclinado a la reconciliación con la Santa Sede, y san Otón le exhortó a poner fin a los males que el cisma había aportado; pero finalmente el nuevo emperador prosiguió la política de su padre. A pesar de ello, gracias a su integridad y al poder de su mansedumbre, san Otón gozó siempre de la confianza de ambos bandos. Por otra parte, sus actividades políticas no le impidieron desempeñar celosamente sus deberes episcopales, establecer numerosos monasterios y fundaciones religiosas, y llevar una vida ejemplar.
Cuando Boleslao III de Polonia conquistó una parte de la Pomerania, pidió a san Otón que fuese a evangelizar a los idólatras de aquel país. En 1124, el santo obispo se trasladó a la Pomerania oriental, acompañado de algunos sacerdotes y catequistas. Se cuenta que los misioneros bautizaron a más de 20.000 infieles. El santo volvió a Bamberg en la Pascua siguiente, después de encargar a cierto número de sacerdotes que atendiesen a los convertidos y continuasen la obra de evangelización tan felizmente comenzada. Como las ciudades de Stettin y Julin habían recaído en la idolatría, san Otón partió de nuevo a Pomerania en 1128, reconvirtió a las dos ciudades y llevó la luz del Evangelio a otros puntos más remotos, exponiéndose a toda clase de peligros e incomodidades. Más tarde volvió a su diócesis y ahí murió, el 30 de junio de 1139. Fue canonizado cincuenta años más tarde.
El material biográfico de san Otón es muy considerable. Además de la importante «Relatio de piis operibus Ottonis» (editada por Holder-Egger en MGH., Scriptores, vol. xv, 1156-1166), existen la Vita de Ebe, un Dialogus de Herbord, y otra Vita debida a la pluma del monje Prüfening.