San Leon IX nació en 1002 en Alsacia, que formaba entonces parte del Sacro Romano Imperio. Hugo, su padre, estaba estrechamente emparentado con el emperador; su madre se llamaba Heilewida. Ambos formaban un excelente matrimonio cristiano; eran tan cultos, que hablaban corrientemente el francés, además del alemán, cosa excepcional en aquella época. A los cinco años, Bruno, como se llamaba el futuro León IX, fue a estudiar a la escuela de Bertoldo, obispo de Toul. En ella empezó a mostrar su talento excepcional. Su tutor era un primo suyo, mucho más grande que él, llamado Adalberto, quien fue luego obispo de Metz. Un suceso de la niñez se quedó profundamente grabado en la mente del futuro papa: en cierta ocasión un animal ponzoñoso le mordió y le dejó entre la vida y la muerte; entonces se le apareció san Benito y le tocó con una cruz; cuando despertó el niño, estaba completamente curado.
Una vez terminados sus estudios, fue nombrado canónigo de la iglesia de San Esteban de Toul. En 1026, el emperador Conrado II fue a Italia a combatir una rebelión de los lombardos; Bruno, que era entonces diácono, le acompañó al mando del regimiento con el que había contribuido el anciano obispo de Toul. Su éxito en la dirección del regimiento le ganó fama de hábil militar, cosa que tal vez no fue muy buena, teniendo en cuenta el porvenir. El obispo de Toul murió cuando Bruno se hallaba todavía en Italia y el clero y el pueblo de la ciudad le eligieron para sustituir al difunto. El día de la Ascensión de 1027, Bruno entró en Toul, en medio de las aclamaciones del pueblo y fue consagrado inmediatamente. Habría de gobernar la diócesis durante veinte años. Su primera ocupación consistió en introducir una disciplina más estricta entre su clero, tanto secular como regular. Inspirado sin duda por su gran devoción a san Benito, tenía en alta estima la vida religiosa; hizo, pues, cuanto estuvo en su mano por reavivar la disciplina y el fervor de los grandes monasterios de su diócesis, e introdujo en ella la reforma de Cluny.
En el verano de 1048, murió el papa Dámaso II, después de un pontificado de veintitrés días. El emperador Enrique III eligió a su pariente, Bruno, para sucederle. De camino para Roma, Bruno se detuvo en Cluny, donde se unió a su comitiva el monje Hildebrando, quien sería más tarde el papa san Gregorio VII. Después de ser elegido según los cánones, Bruno ascendió al trono pontificio con el nombre de León IX, a principios de 1049. Durante muchos años los buenos cristianos, así clérigos como laicos, habían luchado contra la simonía; pero el mal estaba tan profundamente arraigado, que hacía falta una mano fuerte para combatirlo. El papa procedió sin vacilaciones. Poco después de su elección, convocó en Roma un sínodo que condenó y privó de sus beneficios a los clérigos culpables de simonía y lanzó severos decretos contra la decadencia del celibato eclesiástico. León IX empezó a promover entre el clero de Roma la vida comunitaria, que ya antes había ayudado a instituir en Toul, cuando era diácono del obispo de dicha ciudad. Además, convencido de que la reforma exigía algo más que simples decretos, empezó a visitar los países de Europa occidental para dar mayor fuerza a las leyes y sacudir la conciencia de las autoridades. La reforma de las costumbres era su principal objetivo, pero también insistió en la predicación y en el canto sagrado, que amaba particularmente. San León se vio también obligado a condenar las doctrinas de Berengario de Tours, quien negaba la presencia real de Cristo en la Eucaristía. El enérgico papa cruzó dos veces más los Alpes: una vez para visitar su antigua diócesis de Toul, y otra para reconciliar a Enrique III con Andrés de Hungría. Debido a esos viajes, el pueblo le llamó «Peregrinus Apostolicus», el peregrino apostólico.
León consiguió ver aumentado el patrimonio de San Pedro con Benevento y otros territorios del sur de Italia, lo cual acrecentó el poder temporal de los papas. Pero ello no dejó de traerle dificultades, pues los normandos invadieron dichos territorios. León IX salió en persona al encuentro del enemigo, pero fue derrotado y hecho prisionero, en Civitella y los invasores le detuvieron algún tiempo en Benevento. El golpe para el prestigio de León fue muy rudo; además, san Pedro Damián y otros varones de Dios le criticaron severamente, diciendo que, si la guerra era necesaria, tocaba al emperador hacerla y no al Vicario de Cristo.
El patriarca de Constantinopla, Miguel Cerulario, aprovechó la ocasión para acusar de herejía a la Iglesia de Occidente, a propósito de ciertos puntos de disciplina y liturgia en que difería de la Iglesia de Oriente. El papa respondió con una larga carta, vibrante de indignación, pero no exenta de moderación. Muy característico de León IX fue el hecho de empezar a aprender el griego para comprender mejor los argumentos de sus acusadores. Pero, aunque ése fue el principio de la separación definitiva de la Iglesia oriental y occidental, San León no vivió lo suficiente para ver el resultado de la delegación que envió a Constantinopla. Ya para entonces, su salud estaba muy debilitada. Ordenó, pues, que colocasen su lecho junto a un sarcófago, en San Pedro, y murió apaciblemente ante el altar mayor, el 19 de abril de 1054. «El cielo ha abierto sus puertas a un Pontífice del que el mundo no era digno; León ha llegado a la gloria de los santos», declaró el abad de Monte Cassino, formulando exactamente el pensamiento de la cristiandad. En los cuarenta días que siguieron a su muerte, se habló de setenta curaciones milagrosas. En 1087, el beato Víctor III confirmó la canonización popular y ordenó que los restos mortales de san León fuesen solemnemente trasladados a un monumento.
León IX fue el primer papa que propuso que la elección del Sumo Pontífice recayese siempre sobre uno de los cardenales. La proposición se convirtió en ley, cinco años después de su muerte. Uno de los monarcas con quien san León mantuvo relaciones amistosas fue san Eduardo el Confesor, a quien concedió la autorización de fundar nuevamente la abadía de Westminster, en vez de hacer una peregrinación a Roma. Se cuenta que durante su pontificado, el rey MacBeth visitó la Ciudad Eterna, tal vez para expiar sus crímenes.
Es imposible enumerar aquí en detalle todas las fuentes de la vida de san León IX. Baste con hacer una referencia general a Biblioteca Hagiográfica Latina, nn. 4818-4829 y al excelente artículo sobre el pontificado de León IX en Lives of the Popes in the Middle Ages (vol. VI, pp. 19-182), de Mons. H.K. Mann. Acerca del aspecto ascético de la vida de este papa, es particularmente valiosa la primera parte de la biografía de Wiberto, así como los documentos publicados por el P. A. Poncelet en Analecta Bollandiana, vol. XXV (1906), pp. 258-297. Aunque O. Delarc no conocía esos documentos cuando escribió su obra Un pape alsacien (1876), ésta es interesante por lo que se refiere a las condiciones de la época. Quien quiera estudiar más a fondo la cuestión, debe consultar las obras de Martens, Drehmann, Hauck y Brucker, escritas con puntos de vista muy diferentes. El St Léon IX de L. Sittler y P. Stintzi (1950) contiene una serie de estudios y citas interesantes, de los que algunos se refieren particularmente a Alsacia.