Miguel José Serra nació el 24 de noviembre de 1713 en Petra de Mallorca, hijo de humildes agricultores pero ardientes en la fe cristiana. Después de frecuentar el convento local de San Bernardino se trasladó a Palma para completar los estudios y comenzar el noviciado en la Orden de los Hermanos Menores. Consagrado sacerdote en 1737, asumió el nombre de uno de los primeros compañeros de san Francisco, Fray Junípero, para revivir en sí el primitivo espíritu franciscano.
Obtenido el doctorado, de 1744 a 1749 fue profesor de teología en la Universidad Luliana de Palma. Su ardor apostólico sin embargo lo empujaba a ir más allá de los confines no sólo de su isla sino del continente europeo; en efecto, su mente y su corazón estaban cada día más atraídos por el nuevo mundo. En 1749, a la edad de 36 años, se embarcó en Cádiz hacia Veracruz, de donde, al término de un extenuante viaje de 500 kilómetros a través de territorios infestados de malaria, llegó a ciudad de México.
Los principales sectores de su evangelización fueron la Sierra Gorda, México Central y California. La Sierra Gorda estaba habitada por indios a quienes Junípero amó de corazón, con sentimientos paternales, apreciando sus dotes y tratando de corregir sus defectos. Fue enorme el trabajo realizado por él en su formación cristiana y en su promoción humana y social. Misionero itinerante en México central, recorrió más de 10.000 kilómetros antes de ser nombrado responsable de la misión de California.
Desde este momento Junípero será el protagonista de la evangelización de California. Aun hoy este fraile, a quien los Norteamericanos colocaron entre los padres de la patria, asombra por su dinamismo, sus capacidades organizativas, la tenacidad en la ejecución de sus programas, sus dotes de gobierno, su habilidad como interlocutor aun en un clima de fuertes tensiones. En realidad no hizo otra cosa que seguir la más auténtica tradición franciscana de vida evangélica. Para él era espontáneo el practicar el misterio de la cruz sobre todo en los sufrimientos que debió soportar en los viajes incesantes por las tierras de California.
Entre 1769 y 1782 Junípero fundó nueve misiones explorando toda la región y fundando ciudades que hoy son grandes y famosas: Los Angeles, San Francisco, San Antonio, San Bernardino, San Diego, Santa Clara y muchas otras fueron fundadas por los franciscanos. Al término de una existencia toda ella gastada al servicio de los débiles y de los indefensos, el padre Junípero moría el 28 de agosto de 1784, con 71 años. «Ahora, a descansar», fueron sus últimas palabras. Se recostó en el pobre lecho sin quitarse el hábito franciscano y se durmió serenamente.
La ciudad de San Francisco lo declaró ciudadano honorario, California su fundador. La estatua del humilde fraile misionero figura en el Panteón de los Estados Unidos al lado de la de Jorge Washington, su primer presidente.