Julián nació en Burgos, en 1127. A la muerte de sus padres, se retiró a una choza vecina al monasterio de San Agustín de Burgos y no lejos de una ermita donde había vivido santo Domingo de Silos. En aquella soledad se preparó durante largo tiempo a recibir la ordenación sacerdotal. Una vez consagrado sacerdote, salió a predicar por todas las provincias del reino de España con tanto celo, que por doquier obtenía extraordinarios éxitos. Su vida de santidad, su espíritu de oración, su fervor en la celebración del santo sacrificio, atrajeron las bendiciones de Dios sobre todas sus empresas.
Tenía más de sesenta años cuando el rey Alfonso VIII, que acababa de reconquistar a los moros la ciudad de Cuenca, pensó en establecer allí la sede de un obispado; luego de Juan Yáñez, el segundo titular fue san Julián, que hasta entonces había sido archidiácono en Toledo. En su nueva dignidad de obispo, conservó los sentimientos de una profunda humildad; su vida, dedicada al apostolado, fue la admiración de todos. Vivía del trabajo de sus manos, de acuerdo con el ejemplo de los padres del desierto, y distribuía entre los pobres todas las ganancias de su obispado. Cada año, visitaba todas las parroquias de su diócesis y continuamente llevaba la palabra de Dios hasta las aldeas más pequeñas. A diario daba de comer a numerosos pobres y les servía personalmente. Más de una vez, la Providencia proveyó a sus necesidades y le proporcionó milagrosamente los medios para hacer sus limosnas. Durante una epidemia que azotó a Cuenca, todos los que pudieron tocar un cestillo tejido por San Julián, quedaron curados al instante. Después de la muerte del santo, su cesto fue un remedio eficaz para graves males.
Al llegar a la edad de noventa años, San Julián fue presa de una grave enfermedad y, tan pronto como se sintió mal, anunció que era para morir. En consecuencia, se preparó a recibir la muerte con la gracia de los sacramentos y se tendió en el suelo, sobre un lecho de cenizas y una piedra por almohada. La Santísima Virgen se llegó hasta él con una lámpara encendida que dejó en sus manos, como símbolo de la castidad que Julián había observado. Murió el 28 de enero de 1208. Numerosos milagros ocurrieron durante sus funerales. La Iglesia de Cuenca celebra la fiesta de San Julián con solemnidad. Clemente VIII aprobó el oficio compuesto en su honor. Hubo una traslación de los restos de san Julián, el 11 de abril de 1518 y, en aquella ocasión, hubo muchas curaciones milagrosas; un canónigo de Cuenca registró hasta catorce en un solo día.
El dominico J. Marietta compuso un resumen de la Vida de san Julián de Cuenca. Se le puede encontrar en Acta Sanctorum, 28 de enero.