John Stone fue martirizado por negarse a aceptar la afirmación del rey Enrique VIII de ser el jefe supremo de la Iglesia en Inglaterra. Casi nada se sabe de los primeros años de John o de su vida y actividades como agustino, y se desconoce su año de nacimiento. El Parlamento de Inglaterra en 1534 aprobó una ley conocida como «Acta de Supremacía». Esta Ley proclamaba que el rey Enrique VIII era el jefe supremo de la Iglesia en Inglaterra.
Cuatro años más tarde, un oficial del rey llegó a Canterbury para cerrar todos los monasterios y obtener el consentimiento por escrito de cada fraile a las disposiciones del Acta de Supremacía. El funcionario fue primero a monasterios de otras órdenes y luego fue a Austin Friars, la casa agustina de la que John era miembro. Todos los otros frailes agustinos firmaron el documento, pero Juan se negó. Fue detenido y encarcelado en la Torre de Londres. Se mantuvo firme en su negativa a aceptar al Rey como cabeza de la Iglesia. Mientras estaba en la cárcel, pasaba muchas horas en oración. Un día Dios le habló animándolo a tener buen corazón y a permanecer firme en su creencia, incluso si ello significaba la muerte. A partir de este momento, John se sintió completamente fortalecido.
Fue juzgado y condenado por traición en 1539. Inmediatamente antes de la Navidad de ese año, una lenta procesión recorrió las calles de Canterbury llevando al preso Juan por la ciudad hasta una colina fuera de las murallas. Allí fue ahorcado, ahogado y descuartizado. Porque se le consideraba un traidor, así que su cabeza y su cuerpo fueron puestos en exhibición en la entrada de la ciudad. En los libros de cuentas de Canterbury, aparece un gasto de dos chelines y seis peniques como «pago de media tonelada de madera para construir la horca en la que Fray Stone fue ajusticiado». El Papa León XIII beatificó a John Stone en 1886, y el Papa Pablo VI lo canonizó en 1970, junto con otros 39 mártires de Inglaterra de la misma época.