Según parece, san Juan Payne nació en Peterborough. Lo único que sabemos de su familia es que uno de sus hermanos era un protestante muy fervoroso, lo cual permite conjeturar que tal vez el santo se había convertido del protestantismo. La primera noticia cierta que tenemos sobre Juan es que llegó a Douai, en 1574, a estudiar teología en el seminario católico. Menos de tres semanas después de su ordenación, partió a la misión inglesa. Su sitio de destino era Essex, en tanto que su compañero, san Cutberto Mayne, se dirigía a Devonshire. El santo se alojó en Ingatestone, en casa de lady Petre, como si fuera uno de los criados que estaban a su servicio; pero tenía también un cuarto en Londres. Parece que san Juan era muy activo; y el éxito -a diferencia de tantos otros mártires- coronó sensiblemente sus esfuerzos. En una de sus cartas escribe: «En todas partes y cada día más se multiplican las reconciliaciones con la Iglesia católica, con gran asombro de los herejes». A continuación, explica que eso exige que el seminario de Douai envíe más sacerdotes. Menos de un año después de su llegada, fue hecho prisionero en casa de lady Petre; pero cuatro semanas más tarde, le pusieron en libertad. A los nueve meses salió de Inglaterra, aunque ignoramos por qué razón y por cuánto tiempo. Lo cierto es que en la Navidad de 1579 estaba ya de vuelta en Essex, pues el hombre que le traicionó afírmó que le había visto por primera vez, en esa fecha, en casa de lady Petre y no hay razón para dudar de ello. En la casa de lady Petre, llamada "Ingatestone Hall", se refugiaban con frecuencia los sacerdotes que pasaban por el lugar; en 1855 se redescubrió casualmente la covacha en la que se ocultaban, que tenía unos cuatro metros de largo por sesenta centímetros de ancho y tres metros de alto.
El P. Payne fue arrestado por segunda y última vez en Warwickshire. Aunque estaba acusado de conspiración, el juez Waslsingham, después de interrogarle, declaró a Burleigh que la acusación carecía de fundamento. Pero, como era sacerdote, no pareció prudente dejarle en libertad, aunque todavía no existía ley que consideraba como traición el hecho de recibir la ordenación sacerdotal en el extranjero. Así pues, el hombre que había denunciado a Payne hubo de declarar que éste había tratado de enredarle en una conspiración para asesinar a la reina, al tesorero y a Walsingham. Dicho testigo se llamaba Juan Eliot (más tarde conocido con el sobrenombre de «Judas Eliot»), quien había ocupado puestos de confianza en casa de lady Petre y de otras familias católicas y demostró ser un bribón y un asesino. Para escapar del castigo y ganar dinero, denunció a más de treinta sacerdotes, entre los que se contaba san Edmundo Campion. La simple acusación de un testigo tan dudoso, costó al P. Payne ocho meses de prisión en la Torre de Londres, antes de ser juzgado. Fue torturado varias veces. El 31 de agosto se lee en el diario de la Torre de Londres: «Juan Payne, sacerdote, fue sometido a terrible tortura en el potro».
La noche del 20 de marzo de 1582, los verdugos despertaron al P. Payne y le condujeron inmediatamente a la prisión de Chelmsford, sin darle tiempo de vestirse y tomar su cartera. Lady Hopton recuperó más tarde la cartera. Ante los jueces, Eliot repitió la acusación. No había ningún otro testigo, cosa que importo bien poco a los jueces. El mártir se declaró inocente y protestó que era contrario a todas las leyes divinas y humanas condenarle por el testimonio de un solo testigo, por añadidura muy sospechoso. A pesar de ello, los jueces le condenarn a muerte. La sentencia se ejecutó el 2 de abril. La multitud, compadecida del mártir, impidió que el verdugo le descuartizase y desentrañase antes de morir. La fiesta de san Juan Payne se celebra en las diócesis de Northampton y Brentwood el 3 de abril. Fue canonizado por SS Pablo VI el 25 de octubre de 1970.
Ver Challoner, Memoires of Missionary Priests, pp. 39-44, y B. Camm, Lives of English Martyrs (1905) vol. II, pp. 424-442.