Juan Leonardi trabajaba en una farmacia de Lucca a mediados del siglo XVI. Dotado de un natural muy religioso, el joven, miembro de la cofradía fundada por el beato Juan Colombini, empezó a estudiar en privado con el objeto de recibir las órdenes sagradas. Una vez ordenado sacerdote, se consagró intensamente a su ministerio, particularmente en los hospitales y prisiones. Poco a poco fueron reuniéndose con él algunos jóvenes, que le ayudaban en su trabajo. Tenían su centro de reunión en la iglesia de Santa María de la Rosa, en Lucca y vivían en común en una casa de los alrededores. Era la época en que los destrozos causados por el protestantismo y el espíritu de renovación del Concilio de Trento habían infundido en los católicos fervorosos un gran deseo de reforma. Nada tiene, pues, de extraño que Juan Leonardi y sus discípulos, varios de los cuales se preparaban para el sacerdocio, hayan decidido fundar una nueva congregación de sacerdotes seculares. Pero cuando el proyecto llegó a oídos de los habitantes de la república de Lucca, suscitó una violenta oposición por motivos políticos que nos cuesta trabajo entender hoy en día. En todo caso, la oposición fue suficientemente violenta como para obligar a san Juan Leonardi a vivir el resto de su vida fuera de Lucca, y sólo consiguió visitar la ciudad bajo la protección del Papa.
En 1580, compró secretamente para los miembros de su congregación la iglesia de Santa María Cortelandini. Tres años más tarde, con la aprobación del Papa, el obispo de Lucca reconoció oficialmente la congreagción como una asociación de sacerdotes seculares con votos simples (el nombre actual de la congregación y el derecho de sus miembros a hacer votos solemnes datan de 1621). San Felipe Neri apoyó y ayudó a san Juan Ieonardi y le regaló sus posesiones de San Girolamo della Carita, confiándole al mismo tiempo el cuidado de su gato. También san José de Calasanz ayudó a nuestro santo, y durante algún tiempo las congregaciones fundadas por ambos se fundieron en una.
La congregación del P. Leonardi llegó a constituir una fuerza espiritual de tanta importancia en Italia, que Clemente VIII la confirmó en 1595. Dicho Pontífice tenía en tanto aprecio las virtudes y capacidades de san Juan que le nombró vicario apostólico, encargado de supervisar la reforma de los monjes de Valleumbrosa y Monte Vergine; además, le confió la iglesia de Santa María in Portico y nombró al cardenal Baronio protector de la congregación. Actualmente la congregación es muy pequeña. San Juan Leonardi colaboró con Mons. J. B. Vives en el primer proyecto de seminario de misiones extranjeras, por lo que puede considerarse uno de los fundadores del Colegio «De Propaganda Fide», que el papa Urbano VIII puso en práctica al fundarlo en 1627.
San Juan Leonardi contrajo la peste en 1609, cuando atendía a los enfermos durante una epidemia y murió en octubre de ese año. Su fiesta fue incluida en cl calendario general en 1941.
Existen varias biografías del santo. Véase, por ejemplo, L. Marracci, Vita del P. Giovanni Leonardi, Lucchese (1673). Las dos obras de F. Ferraironi (1938), estudian a San Juan como fundador y como colaborador en el proyecto del Colegio de Propaganda Fide. Próspero Lambertini (Benedicto XIV) menciona frecuentemente la causa de san Juan Leonardi en el lib. II de su gran obra «De beatificatione...». La Orden tiene un web muy completo.