En la segunda mitad del siglo XVI, vivía en Ri, en Normandía, Francia, un granjero llamado Isaac Eudes, casado con Marta Corbin. Como no tuviesen hijos al cabo de dos años de matrimonio, ambos esposos fueron en peregrinación a un santuario de Nuestra Señora. Nueve meses después tuvieron un hijo, al que siguieron más tarde otros cinco. El primogénito recibió el nombre de Juan y, desde niño, dio muestras de gran inclinación a la virtud. Se cuenta que, cuando tenía nueve años, un compañero de juegos le abofeteó; en vez de responder en la misma forma, Juan siguió el consejo evangélico y le presentó la otra mejilla. Pero no todos los niños que hacen eso, alcanzan el honor de los altares, de suerte que no hay que dar demasiada importancia a ese género de cosas. A los catorce años, Juan ingresó en el colegio de los jesuitas de Caén. Sus padres deseaban que se casara y siguiera trabajando la granja de la familia, Pero Juan, que había hecho voto de virginidad, recibió las órdenes menores en 1621 y estudió la teología en Caén con la intención de consagrarse a los ministerios parroquiales. Sin embargo, poco después determinó ingresar en la congregación del oratorio, que había sido fundada en 1611 por el futuro cardenal Pedro de Bérulle. Tras de recabar con gran dificultad el permiso paterno, fue recibido en París por el superior general en 1623. Juan había sido hasta entonces un joven ejemplar; su conducta en la congregación no lo fue menos, de suerte que el P. Bérulle le dio permiso de predicar, aunque sólo había recibido las órdenes menores. Al cabo de un año en París, Juan fue enviado a Aubervilliers a estudiar bajo la dirección del P. Carlos de Condren, el cual, según la expresión de santa Juana Francisca de Chantal, «estaba hecho para educar ángeles». El fin de la congregación del oratorio consistía en promover la perfección sacerdotal y Juan Eudes tuvo la suerte de ser introducido en ella por dos hombres de la talla de Condren y Bérulle.
Dos años más tarde, se desató en Normandía una violenta epidemia de peste, y Juan se ofreció para asistir a sus compatriotas. Bérulle le envió al obispo de Séez con una carta de presentación, en la que decía: «La caridad exige que emplee sus grandes dones al servicio de la provincia en la que recibió la vida, la gracia y las órdenes sagradas, y que su diócesis sea la primera en gozar de los frutos que se pueden esperar de su habilidad, bondad, prudencia, energía y vida». El P. Eudes pasó dos meses en la asistencia a los enfermos en lo espiritual y en lo material. Después fue enviado al oratorio de Caén, donde permaneció hasta que una nueva epidemia se desató en esa ciudad, en 1631. Para evitar el peligro de contagiar a sus hermanos, Juan se apartó de ellos y vivió en el campo en un enorme barril, donde recibía diariamente la comida del convento. Pasó los diez años siguientes en la prédica de misiones al pueblo, preparándose así para la tarea a la que Dios le tenía destinado. En aquella época empezaron a organizarse las misiones populares en su forma moderna. San Juan Eudes se distinguió entre todos los misioneros. En cuanto acababa de predicar, se sentaba a oír confesiones, ya que, según él, «el predicador agita las ramas, pero el confesor es el que caza los pájaros». Mons. Le Camus, amigo de san Francisco de Sales, dijo refiriéndose al P. Eudes: «Yo he oído a los mejores predicadores de Italia y Francia y os aseguro que ninguno de ellos mueve tanto a las gentes como este buen padre». San Juan Eudes predicó en su vida ciento diez misiones.
Una de las experiencias que adquirió durante sus años de misionero, fue que las mujeres de mala vida que intentaban convertirse, se encontraban en una situación particularmente difícil. Durante algún tiempo, trató de resolver la dificultad alojándolas provisionalmente en las casas de las familias piadosas, pero cayó en la cuenta de que el remedio no era del todo adecuado. Magdalena Lamy, una mujer de humilde origen, que había dado albergue a varias convertidas, dijo un día al santo: «Ahora os vais tranquilamente a una iglesia a rezar con devoción ante las imágenes y con ello creéis cumplir con vuestro deber. No os engañéis, vuestro deber es alojar decentemente a estas pobres mujeres que se pierden porque nadie les tiende la mano». Estas palabras produjeron profunda impresión en san Juan Eudes, quien alquiló en 1641 una casa para las mujeres arrepentidas, en la que podían albergarse en tanto que encontraban un empleo decente. Viendo que la obra necesitaba la atención de las religiosas, el santo la ofreció a las visitandinas, quienes se apresuraron a aceptarla.
Después de mucho orar, reflexionar y consultar, san Juan Eudes abandonó la congregación del oratorio en 1643. La experiencia le enseñó que el clero necesitaba reformarse antes que los fieles y que la congregación sólo podría conseguir su fin mediante la fundación de seminarios. El P. Condren, que había sido nombrado superior general, estaba de acuerdo con el santo; pero su sucesor, el P. Bourgoing, se negó a aprobar el proyecto de la fundación de un seminario en Caén. Entonces el P. Eudes decidió formar una asociación de sacerdotes diocesanos, cuyo fin principal sería la creación de seminarios con miras a la formación de un clero parroquial celoso. La nueva asociación quedó fundada el día de la Anunciación de 1643, en Caén, con el nombre de "Congregación de Jesús y María". Sus miembros, como los del oratorio, eran sacerdotes diocesanos y no estaban obligados por ningún voto. San Juan Eudes y sus cinco primeros compañeros se consagraron a "la Santísima Trinidad, que es el primer principio y el último fin de la santidad del sacerdocio". El distintivo de la congregación era el Corazón de Jesús, en el que estaba incluido místicamente el de María, como símbolo del amor eterno de Jesús por los hombres. La congregación encontró gran oposición, sobre todo por parte de los jansenistas y de los padres del Oratorio. En 1646, el P. Eudes envió a Roma, al P. Manoury, para que recabase la aprobación pontificia para la congregación, pero la oposición era tan fuerte, que la empresa fracasó.
En 1650, el obispo de Coutances pidió a San Juan que fundase un seminario en dicha ciudad. El año siguiente, M. Olier, que consideraba al santo como «la maravilla de su época», le invitó a predicar una misión de diez semanas en la iglesia de San Sulpicio de París. Mientras se hallaba en esa misión, el P. Eudes recibió la noticia de que el obispo de Bayeux acababa de aprobar la congregación de las Hermanas de Nuestra Señora de la Caridad del Refugio, formada por las religiosas que atendían a las mujeres arrepentidas de Caen. En 1653, san Juan fundó en Lisieux un seminario, al que siguió otro en Rouen en 1659. En seguida, el santo se dirigió a Roma a tratar de conseguir la aprobación pontificia para su congregación; pero los santos no siempre tienen éxito, y san Juan Eudes fracasó en Roma, en parte, por falta de tacto y de prudencia. Un año después, una bula de Alejandro VII aprobó la Congregación de las Hermanas de Nuestra Señora de la Caridad del Refugio. Ese fue el coronamiento de la obra que el P. Eudes y Magdalena Lamy habían emprendido treinta años antes en favor de las pecadoras arrepentidas. San Juan siguió predicando misiones con gran éxito; en 1666, fundó un seminario en Evreux y, en 1670, otro en Rennes.
Al año siguiente publicó un libro titulado «La devoción al adorable Corazón de Jesús». Ya antes, el santo había instituido en su congregación una fiesta del Santísimo Corazón de María. En su libro incluyó el propio de una misa y un oficio del Sagrado Corazón de Jesús. El 31 de agosto de 1670, se celebró por primera vez dicha fiesta en la capilla del seminario de Rennes y pronto se extendió a otras diócesis. Así pues, aunque San Juan Eudes no haya sido el primer apóstol de la devoción al Sagrado Corazón en su forma actual, fue sin embargo él «quien introdujo el culto del Sagrado Corazón de Jesús y del Santo Corazón de María», como lo dijo León XIII en 1903. El decreto de beatificación añadía: «Él fue el primero que, por divina inspiración, les tributó un culto litúrgico». Clemente X publicó seis breves por los que concedía indulgencias a las cofradías de los Sagrados Corazones de Jesús y de María, instituidas en los seminarios de san Juan Eudes. Durante sus últimos años, el santo escribió su tratado sobre «El admirable Corazón de la Santísima Madre de Dios»; trabajó en la obra mucho tiempo y la terminó un mes antes de su muerte. Su última misión fue la que predicó en Saint-Lö, en 1675, en plena plaza pública, con un frío glacial. La misión duró nueve semanas. El esfuerzo enorme acabó con la salud del P. Eudes, quien a partir de entonces se retiró prácticamente de la vida activa. Su muerte ocurrió el 19 de agosto de 1680. Fue canonizado en 1925 y su fiesta fue incluida en el calendario de la Iglesia de occidente en 1928. El dicho más famoso de San Juan Eudes es que harían falta tres eternidades para celebrar dignamente la misa: una eternidad para prepararse, una eternidad para celebrarla y una eternidad para dar gracias. En su obra titulada «La vida y el reinado de Jesús en las almas cristianas», el santo resume así el principio de su propia vida y de su actividad apostólica: «Nuestro deseo, nuestro objetivo y nuestra principal preocupación, debe ser formar a Jesús en nosotros y hacer que en nuestros corazones reine su espíritu, su devoción, sus afectos, sus deseos y sus disposiciones. Toda nuestra vida religiosa debe tender a eso. Tal es la tarea que Dios nos ha confiado para que trabajemos en ella constantemente».
Los biógrafos modernos de san Juan Eudes han aprovechado mucho su correspondencia, en gran parte inédita. La primera biografía propiamente dicha fue escrita por un miembro de la Congregación de Jesús y María, el P. Hérambourg. Aunque el autor no conoció al P. Eudes, pues ingresó en la congregación dos años después de la muerte de éste, tuvo la oportunidad de recoger los testimonios de quienes le habían conocido íntimamente. La mejor obra es sin duda la del P. Boulay (4 vols.), publicada en 1905. La biografía de Émile Georges, Saint Jean Eudes, missionaire apostolique (1925), es menos extensa, pero constituye un buen retrato del santo y de sus actividades.