San Juan fue apodado «hesicasta», es decir, «silencioso», por su gran amor al silencio y el recogimiento. Nació al año 454, en Nicópolis de Armenia, de una familia en la que se contaban varios generales y gobernadores de aquella parte del imperio. Después de la muerte de sus padres, Juan, que no tenía más que dieciocho años, construyó un monasterio para él y otros diez compañeros. Bajo la dirección del joven superior, la pequeña comunidad vivía entregada a la devoción y al trabajo. Pronto adquirió san Juan gran fama de santidad y prudencia en el gobierno. Debido a ello, el arzobispo de Sebaste le consagró obispo de Colonia, en Armenia, a los veintiocho años de edad, muy contra la voluntad del joven. San Juan desempeñó durante nueve años las funciones episcopales; instruyó celosamente a su grey, se privó aun de lo más necesario para socorrer a los pobres, y conservó, en cuanto pudo, el severo régimen de vida del monasterio. Pero, incapaz de poner remedio a ciertos abusos y sintiéndose llamado al retiro, el santo decidió finalmente abandonar su sede. En vez de volver a Armenia, se dirigió secretamente a Jerusalén, sin saber a ciencia cierta lo que iba a hacer ahí. Según cuenta su biógrafo, una noche en que san Juan se hallaba en oración, vio una cruz muy brillante en el aire y oyó una voz que le decía: «Si quieres salvarte, sigue esta luz». Guiado por la cruz, san Juan llegó a la laura (así llaman en Oriente al claustro) o monasterio de san Sabas. Convencido de que tal era la voluntad de Dios, el santo ingresó al punto en el monasterio, que contaba con más de ciento cincuenta monjes. Tenía entonces treinta y ocho años. San Sabas le puso al principio bajo las órdenes del maestro de obras para que acarrease agua y piedra y ayudase a los obreros en la construcción de un hospital. San Juan iba y venía como una bestia de carga, totalmente concentrado en Dios, siempre alegre y silencioso. Después de esta prueba, el experto superior le nombró encargado de los huéspedes, a los que el santo servía como si se tratase del mismo Cristo. Al ver que su novicio avanzaba rápidamente en el camino de la perfección, san Sabas le permitió retirarse a una ermita para que pudiese entregarse del todo a la contemplación. Los cinco primeros días de la semana, el santo, ayunaba en su celda; pero los sábados y domingos, asistía a los oficios en la iglesia. Al cabo de tres años de vida eremítica, san Juan fue nombrado supervisor de la laura. A pesar de los numerosos asuntos en que se ocupaba por su cargo, su gran amor a Dios le permitía vivir con el pensamiento fijo en Él, continuamente y sin esfuerzo.
Cuatro años más tarde, san Sabas juzgó a san Juan digno del sacerdocio y decidió presentarle al patriarca Elías. Al llegar a la iglesia del Monte Calvario, donde la ordenación iba a tener lugar, Juan dijo al patriarca: «Santo Padre, tengo que deciros algo en privado; si después de oírme me juzgáis apto para el sacerdocio, recibiré las sagradas órdenes». El patriarca le concedió una entrevista a solas. San Juan, después de obligarle al más estricto secreto, le dijo: «Padre, yo soy obispo; pero, por mis muchos pecados, tuve que venir a refugiarme en este desierto a esperar la venida del Señor». Elías quedó sumamente sorprendido y se comunicó con san Sabas para decirle: «No puedo ordenar a este hombre, por lo que me ha comunicado en secreto». San Sabas volvió al monasterio muy preocupado, pues temía que Juan hubiese cometido un crimen horrible; pero, en respuesta a sus oraciones, Dios le reveló la verdad y le obligó a no comunicarla a nadie.
El año 503, algunos monjes rebeldes obligaron a san Sabas a abandonar la laura. Entonces, san Juan se retiró, durante seis años, a un desierto vecino y volvió a la laura al mismo tiempo que san Sabas. Vivió todavía cuarenta años en su celda. La experiencia le había mostrado que las almas acostumbradas a hablar con Dios no encuentran más que amargura y vacío en el trato con los hombres. Además, su humildad y su deseo de vivir olvidado de todos le impulsaban, más que nunca, a la soledad. Pero la fama de su santidad atraía constantemente a los visitantes y, el santo comprendió que no debía negarse a quienes necesitaban de sus consejos. Entre éstos se contaba a Cirilo de Escitópolis, quien escribió su biografía cuando el santo tenía ya ciento cuatro años; según Cirilo, san Juan conservaba todavía la lucidez que le había caracterizado toda su vida. El mismo biógrafo relata que, de joven, había ido a consultar al santo ermitaño acerca de su vocación. San Juan le aconsejó que entrase en el monasterio de San Eutimio. En lugar de obedecer, Cirilo ingresó en un monasterio de la ribera del Jordán, donde contrajo una fiebre que le puso a las puertas del sepulcro. Pero san Juan se le apareció en sueños, le reprendió bondadosamente y le dijo que en el monasterio de San Eutimio recobraría la salud y el favor de Dios. A la mañana siguiente, Cirilo partió al monasterio de San Eutimio, completamente restablecido. El mismo autor cuenta que, en su presencia, san Juan arrojó eI mal espíritu que se había apoderado de un niño, con sólo trazar con aceite, una cruz sobre su frente. Con su ejemplo y sus consejos, san Juan convirtió muchas almas a Dios. Su vida en la ermita fue una imitación perfecta -en cuanto eso sea posible para la naturaleza humana- de la de los gloriosos espíritus que, en el cielo, aman y alaban constantemente a Dios. Con ellos fue a reunirse el santo el año 558, después de pasar setenta y seis años en una soledad sólo interrumpida por los nueve años de episcopado.
Cirilo de Escitópolis, en cuya obra se basa todo lo que sabemos sobre San Juan, ingresó probablemente en el monasterio de San Eutimio el año 544, y pasó a la laura de Jerusalén en 554. Como todos sus contemporáneos, Cirilo era muy crédulo y tenía un gusto exagerado por lo maravilloso; pero narró fielmente lo que él consideraba como la verdad. La biografía que escribió puede leerse en Acta Sanctorum, mayo, vol. VI. Véase también Erhard, Römische Quartalschrift, vol. III (1893), pp. 32 ss.; y el texto de Cirilo en E. Schwartz, Kyrillos von Skythhopolis (1939).