José Sebastián Pelczar nació el 17 de enero del 1842 en la pequeña ciudad de Korczyna, cerca de Krosno al pie de los montes Cárpatos. Pasó la niñez en su ciudad natal, creciendo en una atmósfera de fe profunda que sus padres Adalberto Pelczar y Marianna Miesowicz le inculcaron. Estos, viendo que su hijo tenía aptitudes extraordinarias para el estudio, al terminar los dos años de escuela popular en Korczyna, lo enviaron a Rzeszów para continuar sus estudios. Ya de estudiante tomó la decisión de entregar su vida al servicio de Dios, como lo expresa en su diario: «Los ideales de la tierra palidecen, el ideal de la vida lo veo en el sacrificio y el ideal del sacrificio en el sacerdocio». Al terminar el sexto curso, entró al Seminario Menor y en el año 1860 empezó los estudios de teología en el Seminario Mayor de Przemysl.
Después de la ordenación sacerdotal (17 de julio de 1864), trabajó en la parroquia de Sambor durante año y medio y luego fue enviado a Roma (1866-1868) donde estudió a la vez en dos universidades, Collegium Romanum (hoy Universidad Gregoriana) y en el Instituto de san Apolinar (hoy Universidad Lateranense), donde profundizó sus conocimientos y fortaleció su gran amor a la Iglesia y a su cabeza visible, el Papa. Después, al regresar a su patria, trabajó como profesor en el seminario de Przemysl, y luego durante 22 años en la Universidad Jagelónica de Cracovia. Como profesor y decano de la Facultad de Teología, gozaba de estima y grande fama como hombre culto, buen organizador y amigo de los jóvenes. Como reconocimiento a sus valores, le confiaron la dignidad de Rector del Almae Matris de Cracovia (1882-1883).
Deseando realizar el ideal de «sacerdote y polaco, que trabaja con devoción por su pueblo», el sacerdote Pelczar no limitaba su actividad al campo de la ciencia, sino también al trabajo social y caritativo. Fue miembro activo de la Asociación de san Vicente de Paúl y de la Asociación de la Educación Popular. Durante los 16 años que fue presidente de la Asociación de la Educación popular, fundó numerosas salas de lectura y bibliotecas. Esta Asociación promovió numerosas charlas gratis, editó y distribuyó entre el pueblo más de cien mil libros y abrió una escuela para las empleadas del servicio doméstico. En 1891, por iniciativa suya, se creó «La Fraternidad de la Inmaculada Virgen María, Reina de Polonia», que además de los fines religiosos tenía una dimensión social: se ocupaba de la protección de los artesanos, de los pobres, de los huérfanos y empleadas del servicio doméstico (de las empleadas enfermas y las que no tenían trabajo).
Viendo en los problemas de su tiempo un signo de la voluntad de Dios, fundó en el año 1894, en Cracovia, la Congregación de las Siervas del Sagrado Corazón de Jesús, siendo su fin la proclamación del Reino del Amor del Sagrado Corazón de Jesús. Fue su deseo que las Hermanas fueran signo e instrumento de este amor para con las jóvenes, enfermos y todos los que necesitasen cualquier tipo de ayuda.
En el año 1899 fue nombrado Obispo auxiliar y un año mas tarde, después de la muerte del Monseñor L. Solecki, fue Obispo de la diócesis de Przemysl. Durante los 25 años de su ministerio episcopal, se dio a conocer como un valiente pastor, celoso por el bien de las almas a él confiadas.
A pesar de su debilitada salud, Mons. Pelczar seguía desempeñando actividades religiosas y sociales. Para animar a los fieles a mantener y renovar la fe, visitaba frecuentemente las parroquias, se preocupaba además por la dimensión moral e intelectual del clero, dando a la vez ejemplo de una profunda piedad que se expresaba en la devoción al Sagrado Corazón de Jesús y a la Madre de Dios. Tenía gran devoción al Santísimo Sacramento e invitaba a los fieles a participar en las celebraciones eucarísticas. Gracias a sus diligencias, aumentó el número de nuevas iglesias y capillas, también fueron restaurados muchos templos. No obstante las difíciles circunstancias políticas, realizó tres sínodos diocesanos, organizando en unas normas legislativas diferentes iniciativas, dándoles mayor apoyo y asegurando su estabilidad.
El obispo José Sebastián conocía las necesidades de sus fieles y rodeaba de cuidados a los más pobres de su diócesis. Las guarderías para los niños, los comedores populares para los pobres, los refugios para los que no tenían casa, la preparación en las labores domésticas para las jóvenes, las becas para los seminaristas sin recursos económicos, son algunas de las obras existentes debidas a su iniciativa. Se compadecía de las injusticias sufridas por los trabajadores, y se dedicó con empeño por solucionar algunos problemas de su tiempo como la emigración y el alcoholismo. En sus cartas pastorales, en los artículos publicados y en otros escritos subrayaba la necesidad de respetar estrictamente la enseñanza social del Papa León XIII.
Dotado copiosamente por Dios, no desperdiciaba los talentos recibidos sino que los desarrollaba y multiplicaba. Una de las pruebas de su increíble laboriosidad son sus numerosos escritos que contienen obras teológicas, históricas, libros sobre la ley canónica, manuales, devocionarios, cartas pastorales, charlas y homilías.
Monseñor Pelczar murió la noche del 27 al 28 de marzo de 1924. Quedó en la memoria de la gente como hombre de Dios que, a pesar de los tiempos difíciles que le tocó vivir, cumplió siempre su voluntad. El profesor, P. Antonio Bystrzonowski, discípulo y sucesor del prof. Pelczar en la cátedra universitaria, el día de su entierro dijo: «El difunto Obispo de Przemysl unía en sí las más bellas cualidades y talentos: un celo apostólico y un espíritu de iniciativa llevado a la práctica con energía. La luz de una gran sabiduría, tal vez más grande por sus virtudes. Monseñor, brillaba como modelo y ejemplo de un trabajo extraordinario unido a un entusiasmo juvenil».
Fue canonizado por SS Juan Pablo II el 18 de mayo de 2003 en la Basílica vaticana. En Cracovia san José Sebastián es venerado, de modo especial, en la iglesia de las Siervas del Sagrado Corazón de Jesús, donde se encuentra la capilla a él dedicada; sus reliquias se encuentran en la catedral de Przemysl. La veneración litúrgica local se realiza el día 19 de enero.