Nació en Aljustrel, Fátima (Portugal), el 11 de junio de 1908; fue bautizado a los pocos días, y cayó víctima de una neumonía en diciembre de 1918, falleciendo en el mismo pueblo a las 22 horas del 4 de abril de 1919. Fue enterrado en el cementerio de Fátima y luego trasladado a la Basílica, el 13 de marzo de 1952.
Su gran preocupación era la de «consolar a Nuestro Señor». El espíritu de amor y reparación para con Dios ofendido, fue notable en su tan corta vida; pasaba horas dedicadas a «pensar en Dios». Fue un contemplativo.
De la homilía de SS Juan Pablo II en Fátima, en la misa de beatificación de Francisco y su hermana Jacinta, el 13 de mayo del 2000:
1. «Yo te bendigo, Padre, (...) porque has ocultado estas cosas a los sabios e inteligentes, y se las has revelado a los pequeños» (Mt 11, 25).
Con estas palabras, amados hermanos y hermanas, Jesús alaba los designios del Padre celestial; sabe que nadie puede ir a él si el Padre no lo atrae (cf. Jn 6, 44), por eso alaba este designio y lo acepta filialmente: «Sí, Padre, pues tal ha sido tu beneplácito» (Mt 11, 26). Has querido abrir el Reino a los pequeños.
Por designio divino, «una mujer vestida del sol» (Ap 12, 1) vino del cielo a esta tierra en búsqueda de los pequeños privilegiados del Padre. Les habla con voz y corazón de madre: los invita a ofrecerse como víctimas de reparación, mostrándose dispuesta a guiarlos con seguridad hasta Dios. Entonces, de sus manos maternas salió una luz que los penetró íntimamente, y se sintieron sumergidos en Dios, como cuando una persona -explican ellos- se contempla en un espejo.
Más tarde, Francisco, uno de los tres privilegiados, explicaba: «Estábamos ardiendo en esa luz que es Dios y no nos quemábamos. ¿Cómo es Dios? No se puede decir. Esto sí que la gente no puede decirlo». Dios: una luz que arde, pero no quema. Moisés tuvo esa misma sensación cuando vio a Dios en la zarza ardiente; allí oyó a Dios hablar, preocupado por la esclavitud de su pueblo y decidido a liberarlo por medio de él: «Yo estaré contigo» (cf. Ex 3, 2-12). Cuantos acogen esta presencia se convierten en morada y, por consiguiente, en «zarza ardiente» del Altísimo.
2. Lo que más impresionaba y absorbía al beato Francisco era Dios en esa luz inmensa que había penetrado en lo más íntimo de los tres. Además sólo a él Dios se dio a conocer «muy triste», como decía. Una noche, su padre lo oyó sollozar y le preguntó por qué lloraba; el hijo le respondió: «Pensaba en Jesús, que está muy triste a causa de los pecados que se cometen contra él». Vive movido por el único deseo -que expresa muy bien el modo de pensar de los niños- de «consolar y dar alegría a Jesús».
En su vida se produce una transformación que podríamos llamar radical; una transformación ciertamente no común en los niños de su edad. Se entrega a una vida espiritual intensa, que se traduce en una oración asidua y ferviente y llega a una verdadera forma de unión mística con el Señor. Esto mismo lo lleva a una progresiva purificación del espíritu, a través de la renuncia a los propios gustos e incluso a los juegos inocentes de los niños.
Soportó los grandes sufrimientos de la enfermedad que lo llevó a la muerte, sin quejarse nunca. Todo le parecía poco para consolar a Jesús; murió con una sonrisa en los labios. En el pequeño Francisco era grande el deseo de reparar las ofensas de los pecadores, esforzándose por ser bueno y ofreciendo sacrificios y oraciones. Y Jacinta, su hermana, casi dos años menor que él, vivía animada por los mismos sentimientos.