San Filogonio estudió leyes y se distinguió mucho por su elocuencia, integridad y habilidad para hacer que «los acusados fuesen más fuertes que los acusadores». Era todavía laico y estaba casado y tenía una hija, cuando fue elegido obispo de Antioquía a la muerte de Vidal, el año 319. San Juan Crisóstomo habla del estado floreciente de dicha diócesis en tiempos de Filogonio, lo cual prueba que era un celoso apóstol y un administrador excelente. En las persecuciones de Maximino y Licinio, san Filogonio confesó la fe y estuvo prisionero. La fiesta de Filogonio se celebró en Antioquía, el 20 de diciembre del año 386; con tal ocasión, san Juan Crisóstomo pronunció un panegírico, pero habló apenas de las virtudes del santo, porque quería dejar materia al obispo Flaviano, quien iba a hablar después de él, y cuyo sermón lamentablemente no se nos ha conservado.
San Juan Crisóstomo habla en términos conmovedores de la paz de que goza el santo en un mundo en el que no hay problemas, ni pasiones desordenadas, en el que no existen las frías palabras «mío y tuyo», de las que nacen las guerras en el mundo, las discordias en las familias, y el desorden, la envidia y la malicia en los individuos. San Filogonio había renunciado tan completamente al mundo que, desde esta vida recibió el premio del espíritu de Cristo en toda su perfección. El alma debe aprender en este mundo a poseer el espíritu de los bienaventurados y a practicarlo, si realmente quiere reinar con ellos en la vida futura. El alma tiene que familiarizarse en este mundo con los misterios de la gracia y con la práctica del amor y la alabanza de Dios. Como dice San Macario, ni siquiera los reyes de la tierra permiten que se les acerquen quienes ignoran los modales y costumbres de palacio.
Nuestra única fuente es el sermón del Crisóstomo; puede verse en Migne, PG., vol. XLVIII, pp. 747-756. Acerca del crédito que merecen los panegíricos, véase Delehaye, Les Passions des Martyrs et les Genres Littéraires (1921), c. II, pp. 183-235.