El papa san Benedicto II se educó, desde niño, en el servicio de la Iglesia. Desde muy joven se distinguió por sus conocimientos de la Sagrada Escritura y del canto sagrado, por el que sentía gran entusiasmo. Era romano de nacimiento y participó en el gobierno de la Iglesia bajo los papas san Agatón y san León II. Después de la muerte de este último, el año 683, fue elegido para sucederle. Sus virtudes, su liberalidad y su inteligencia, le hacían especialmente apto para esa altísima dignidad. En aquella época, estaba aun vigente la antigua costumbre de que el clero y el pueblo de Roma eligiesen al Pontífice, pero que se requiriese luego el consentimiento del emperador. Pero los viajes entre Roma y Constantinopla que se necesitaban para obtener la sanción imperial, creaban grandes dificultades y producían largas dilaciones; por ello, pasó un año entre la fecha de la muerte de san León (julio del 683) y la consagración de Benedicto II (julio del 684). El nuevo Papa consagró sus esfuerzos a obtener que el emperador aceptase que, en adelante, los sufragios del clero y el pueblo bastasen para elegir al Pontífice, y que suprimiese la necesidad de la sanción imperial o delegase sus poderes en el Exarca de Italia. Aunque Benedicto II consiguió la aprobación de Constantino IV, el caso de la sanción imperial volvió a repetirse más tarde en la historia.
El emperador profesaba tal estima al Pontífice, que le envió mechones de cabellos de sus dos hijos, Justiniano y Heraclio, para manifestarle, según el simbolismo de la época, que los consideraba como hijos espirituales del Papa. El santo Pontífice hizo cuanto pudo para que Macario, el patriarca de Antioquía, que había sido depuesto por herejía, volviese a la verdadera fe. En su corto pontificado, que no duró más que once meses, restauró varias iglesias de Roma. Igualmente manifestó su interés por la Iglesia de Inglaterra, apoyando la causa de san Wilfrido de York. San Benedicto II murió el 8 de mayo de 685 y fue sepultado en San Pedro.
El Acta Sanctorum habla de Benedicto II el 7 de mayo (vol. II). La principal fuente es el Líber Pontificalis (Duchesne, vol. I, pp. 363-365). Ver también Muratori, Annales, ad ann. 684, y Hefele-Leclercq, Histoire des Concites, vol. III, p. 549 ss. Mons. Mann reunió en su obra Lives of the Popes, vol. I, pte. 2, pp. 54-63, todas las informaciones que existen sobre San Benedicto II.