Según se dice, Agapito tenía apenas quince años cuando compareció ante el gobernador de Praeneste (Palestrina), Antíoco. Como se negase a abjurar de la fe, fue azotado, encarcelado y finalmente, decapitado, durante el reinado del emperador Aureliano. La leyenda ha bordado sobre las «actas», como en tantos otros casos. El relato legendario dice que Agapito pasó cuatro días en la cárcel sin comer ni beber, se le colocaron brasas sobre la cabeza y fue colgado por los pies sobre una hoguera humeante; además, se le bañó con agua hirviente y se le descoyuntó la mandíbula. Antíoco enfureció de tal modo al ver la constancia de la víctima, que cayó muerto de un síncope. Como las fieras del circo no tocasen al mártir, el verdugo tuvo que decapitarle. Estos hechos impresionaron tanto al tribuno Anastasio, que se convirtió instantáneamente al cristianismo.
En realidad, lo único que sabemos sobre san Agapito es que fue martirizado y sepultado en Palestrina, cerca de Roma, porque las «actas» son espurias. Es absolutamente cierta la existencia del culto primitivo de este mártir, ya que le mencionan los sacramentarios de la época, y a poco más de un kilómetro de Palestrina se conservan las ruinas de una basílica a él consagrada, en la que hay un epitafio que lleva su nombre. Además, en el siglo IX y en el X se le dedicaron varias iglesias.
Véase H. Delehaye, «Comentario sobre el Martirologium Hieronymianum», pp. 448-449; A. Kellner, «Der hl. Agapitus von Praeneste» en «Studien und Mitteilungen» (1930), pp. 404-432.