El día 7 de septiembre de 1627 el P. Tomás Tsuji y otros dos cristianos japoneses, Luis y Juan Maki, fueron conducidos a la colina de los Mártires de Nagasaki donde los tres fueron atados a sendos postes. Una numerosa concurrencia de japoneses y extranjeros presenciaban la ejecución. Entre ellos estaba el apóstata Feizó, subgobernador de Nagasaki, y que cuando el P. Tomás fue arrestado lo reconoció. El sacerdote no dejaba de animar a sus compañeros de martirio, pidiéndoles que fueran fieles al Señor y que no se hicieran indignos de la vida eterna por conservar la vida temporal. Les recordó la pasión del Señor y lo mucho que Jesús padeció por nosotros. Seguidamente los tres cristianos fueron quemados vivos.
Tomás Tsuji había nacido en Sonogi, una población de la isla japonesa de Kyushu, se calcula que el año 1571, en el seno de una familia de la nobleza. Parece que su familia no era cristiana pero sí simpatizaba con el cristianismo y por ello encomendó el muchacho a los jesuitas de Arima para su educación. Se convirtió al cristianismo e ingresó en la Compañía de Jesús en 1589, haciendo los estudios y ordenándose sacerdote. Se granjeó pronto fama de magnífico predicador pero su temperamento fogoso chocó con algunos miembros de la comunidad cristiana y, por ello, de Nagasaki lo trasladaron a Hakata. Y entonces (1614) llegó el edicto expulsando a los sacerdotes del Japón y abriendo la persecución contra el cristianismo. Tomás y otros ochenta jesuitas se vieron obligados a salir del país y se trasladaron a Macao, donde estuvieron cuatro años. Más tarde, no pocos misioneros decidieron volver clandestinamente a Japón para no dejar sin asistencia pastoral a las comunidades cristianas. Por ello el P. Tomás volvió a Japón en 1618 disfrazado de mercader. El ser japonés favorecía su disfraz pues podía pasar efectivamente por un japonés más. Por eso él podía moverse libremente durante el día mientras que los misioneros europeos tenían que hacer su apostolado de noche. Utilizando diferentes disfraces pudo hacer una buena labor. Pero la fiereza de la persecución pesaba tanto sobre él que se sentía desanimado por el enorme trabajo y los enormes peligros, y entonces pidió que le dispensaran de sus votos y se salió de la Compañía de Jesús. Se arrepintió enseguida y pidió su reingreso pero éste quedó condicionado a su conducta subsiguiente. Durante seis años estuvo a prueba y pudo superar su depresión y cobrar ánimos. Por fin, en 1626 fue readmitido en la Compañía de Jesús y destinado a Nagasaki.
Aquí le esperaba el martirio. Luis Maki y su hijo adoptivo Juan, éste de veintisiete años, vivían en Nagasaki, conscientes del peligro de ser cristianos, pero decididos a seguir siéndolo en cualquier circunstancia. Y cedían de buena gana su casa para las celebraciones religiosas y para albergar a sacerdotes. El día 22 de julio de 1626 ambos habían invitado al P. Tomás a que celebrara en su casa la misa de Santa María Magdalena, y el sacerdote acudió. Un espía lo reconoció y dio aviso a las autoridades que llegaron a la casa cuando ya el P. Tomás estaba nuevamente vestido de seglar. No hallaron pruebas pero se llevaron al jesuita a la presencia del citado Feizó que enseguida lo reconoció, y entonces el P. Tomás confesó su identidad. Inmediatamente arrestaron a los Maki, padre e hijo, que fueron acusados de dar cobijo a un sacerdote. Los tres fueron llevados a la terrible cárcel de Omura donde pasarían toda clase de penalidades. Los familiares de Tomás lo visitaron repetidamente en la cárcel pidiéndole que se salvara apostatando, pero Tomás se mantuvo firme. Los otros dos presos, igualmente, confesaron la fe con valor y abordaron con entrega a Dios el martirio. De Omura fueron oportunamente llevados a Nagasaki y aquí fueron muertos. Los tres fueron beatificados por el papa Pío IX el 7 de julio de 1867.