El día 22 de julio de 1620, el navío inglés «Elizabeth» interceptó frente a las costas de Formosa (Taiwan), a una nave japonesa en la que viajaban cuatro europeos y, al hacer el abordaje, descubrieron, con gran regocijo, que entre los pasajeros había dos religiosos. Los piratas se apoderaron del barco y, una vez en alta mar, hubo una repartición del botín y los cautivos entre ingleses y holandeses. La tripulación y los cuatro pasajeros europeos quedaron en manos de estos últimos que consideraron a todos como sus prisioneros y los condujeron al puerto de Firando. El barco holandés atracó ahí el 4 de agosto y, el mismo día, el padre Bartolomé Gutiérrez se puso en camino hacia el puerto con la intención de gestionar la libertad de sus hermanos en religión capturados, pero llegó demasiado tarde: desde el primer momento, los dos sacerdotes habían sido desembarcados y entregados al agente holandés Juan Specx. Este se apresuró a desempeñar su papel de juez y, en seguida, sometió a un riguroso interrogatorio a sus reos, quienes se mantuvieron firmes en su negativa de que fuesen sacerdotes o religiosos, a fin de no comprometer a los tripulantes de la nave japonesa que tan generosamente los había acogido. A los dos se les amenazó con someterlos a torturas hasta que admitieran su identidad y, mientras tanto, se los arrojó en una inmunda prisión.
Los religiosos tan arbitrariamente capturados eran el padre Luis Flores, dominico, y el padre Pedro de Zúñiga, de la orden de los Ermitaños de San Agustín. Luis Flores había nacido en Amberes, entre 1565 y 1570; sus padres emigraron a España y se trasladaron a México, donde el joven Luis entró al convento de San Jacinto, de la capital del Virreinato de la Nueva España. Tuvo que cambiar su apellido flamenco Frayrin o Froryn, por el de Flores, para que le permitieran ir a las Filipinas, adonde llegó en 1602. Se embarcó para el Japón el 6 de junio de 1620, en compañía del padre Pedro de Zúñiga, que era hijo de un muy gran señor, llamado Alvaro de Zúñiga, marqués de Villamanrique y virrey de Nueva España. Pedro nació en Sevilla y tomó el hábito en el convento de dicha ciudad. Hizo su profesión el 2 de octubre de 1604 y llegó a las Filipinas en 1610. De ahí pasó al Japón en 1618. Obligado a esconderse, tuvo que dejar el país al cabo de un año y se sintió inmensamente feliz cuando se le designó de nuevo para regresar al Japón, en 1620.
El 2 de octubre, los holandeses interrogaron otra vez a los dos religiosos para hacerlos confesar su identidad. El gobernador de Nagasaki, Gonrocu, conocía al padre de Zúñiga, puesto que le había prohibido que huyera un año antes. El gobernador tenía simpatías por aquel sacerdote tenaz y le habría gustado ir a saludarle en la prisión, pero no se atrevía a desobedecer las órdenes del emperador. De todas maneras, se alegraba al saber que los dos religiosos ocultaban su identidad y no estaba dispuesto a denunciarlos. A pesar de sus buenas intenciones, el gobernador se vio obligado a presidir una audiencia pública destinada a desenmascarar a los dos supuestos sacerdotes apóstatas, asamblea ésta en la que participaba el alcalde de Firando y donde debían comparecer, como testigos de la acusación, el sacerdote jesuita Carlos Spínola y varios otros prisioneros cristianos, entre los que figuraban muchos futuros mártires. El padre Spínola declaró que él no conocía a ninguno de los acusados y afirmó que si bien un cristiano siempre tiene que declarar su religión cristiana, no por eso está obligado a declararse sacerdote. Se rehusó a prestar juramento sobre su declaración, en base a que no podía hacerlo sin la autorización de sus superiores. Desgraciadamente, numerosos testigos japoneses reconocieron al padre de Zúñiga. A fin de cuentas, en la sesión del 30 de noviembre, éste confesó libremente su calidad de sacerdote y declaró que la había ocultado con el único objeto de no perjudicar a los marineros japoneses, inocentes en aquella aventura. El padre de Zúñiga reingresó a la prisión y, a partir del 23 de diciembre, fue encerrado en una jaula; el capitán y los marineros del barco japonés fueron arrestados a su vez. El padre Flores permanecía en la cárcel, pero su verdadera identidad era todavía desconocida.
El padre Collado trató de conseguir la libertad del padre Flores con la ayuda del japonés Yachiki. Se fraguó un plan y, el 4 de marzo, el padre Flores fingió que iba a tirar al mar las aguas sucias y se deslizó en la barca que le esperaba; pero los guardias dieron la alarma y los fugitivos fueron detenidos. Al día siguiente, comenzaron los interrogatorios a los japoneses y en seguida el padre Flores para evitarles las torturas, confesó que él era sacerdote. Inmediatamente fue enviado a Yuchinochima, donde ya estaba el padre de Zúñiga.
Gonrocu tuvo que informar al emperador de todo lo que había pasado. Incitado por los holandeses, que le convencieron de que el padre de Zúñiga era un conquistador español, el emperador dio la orden de ajusticiar a los detenidos. El 17 de agosto fueron llevados a Nagasaki y condenados a muerte. El dominico, padre Pedro Vázquez, tuvo la oportunidad de reunirse con los reos y confesarlos. Por el contrario el 18 de agosto, tuvieron que soportar las intrigas de un sacerdote apóstata, Araki, quien no obtuvo ningún resultado. La mañana del 10 de agosto, Gonrocu notificó la sentencia: los dos padres y el capitán Firayama serían quemados vivos, los doce tripulantes del navío, decapitados, Yachiki y los cuatro japoneses que habían ayudado al padre Flores en su fracasada evasión, quedaron encarcelados para completar la información (les llegó su turno el 2 de octubre). Firayama reclamó a Gonrocu: «¿Por qué el emperador del Japón nos condena a muerte, sin que nosotros seamos culpables de crimen alguno?» El gobernador respondió: «Porque está prohibido que se predique en el Japón la fe de Jesucristo y que los japoneses la practiquen».
Los condenados fueron conducidos al lugar habitual de las ejecuciones. Entre la multitud inmensa que acudió a presenciar los ajusticiamientos, se ocultaban tres dominicos. Numerosos cristianos cantaban el Magnificat y el Laudate. Los doce japoneses fueron decapitados los primeros. Eran cofrades del Rosario; eran León Sukemeyon, segundo del navío; Juan Soyemon, jefe de tripulación; Miguel Díaz, comerciante; Antonio Yamanda, pasajero; Santiago Matsouwo Dcnchi, pasajero; Laureano Rocouyémond, comerciante, y cuatro marineros: Pablo Sankichi, Juan Yango, Juan Matachiki Nangata y Bartolomé Mofióyé. Los dos sacerdotes y Joaquín Firayama fueron atados a columnas con lazos débiles, pues los verdugos tenían la esperanza de verlos renegar bajo el exceso del dolor; el fuego era lento para alargar el suplicio, pero los tres mártires permanecieron invencibles. El padre Flores murió el primero, después Firayama; al fin de tres cuartos de hora, el padre de Zúñiga estaba muerto también. Los cristianos entonaron el Te Deum y esperaron durante cinco horas a que se retiraran los guardias para apoderarse de las reliquias de los mártires. El Papa Pío IX los beatificó el 7 de julio de 1867.
Procés apostolique; Boero, Relazioni della gloriosa Morte di 205 Beati Martiri nel Giappone. L. Pages. Histoire de la religión Chrétienne au Japon, pp. 389, 392, 402, 449, 464, 478, 480, 485, 490, 497, 499 y cartas anexas pp. 204, 214, 248.