No obstante su apellido, que es una abreviación de Buonomini [Buen hombre], Juan no se distinguió por su piedad en la juventud. Cuando murió su padre, el joven partió de Mántua y empezó a ganarse la vida como actor en las cortes y palacios de Italia. No obstante las oraciones de su devota madre, Juan llevaba una vida licenciosa y alocada. En 1208, cuando tenía cerca de cuarenta años, una peligrosa enfermedad le puso a las puertas de la muerte. Interpretó aquello como una señal del cielo y cambió de vida en cuanto recobró la salud, como lo había prometido. Tales promesas son fáciles de hacer, pero menos fáciles de guardar. Juan abrió su corazón al obispo de Mántua, quien le aconsejó la vida eremítica. En un paraje de las cercanías de Cesena el beato se dedicó a domeñar su cuerpo en la soledad y a adquirir los hábitos de la devoción y la virtud. Pronto adquirió gran fama de santidad y se le reunieron algunos discípulos. Durante algún tiempo, el beato Juan los dirigió según la inspiración del momento. Más tarde, construyeron una iglesia y la comunidad tomó una forma más definida. Inocencio IV les impuso la regla de San Agustín al aprobar la congregación.
El beato Juan recibió numerosas ilustraciones sobrenaturales en la oración y obró muchos milagros extraordinarios. Ni siquiera en su ancianidad aflojó en la mortificación: observaba tres cuaresmas cada año, en lo más crudo del invierno se vestía con telas muy ligeras, en su celda había tres lechos, de los cuales uno era malo, otro peor y el tercero pésimo. El demonio siguió tentándole violentamente hasta el fin de su vida. Por otra parte, no faltó quien le calumniase, pero la vida que llevaba el beato desmentía todas las acusaciones. El número de penitentes y personas que acudían a visitarle aumentó de tal modo, que Juan decidió huir secretamente. Después de haber caminado toda la noche, se encontró nuevamente, al amanecer, ante la puerta de su celda, en lo cual vio una manifestación de que la voluntad de Dios era que permaneciese allí. Murió en Mántua en 1249. Dios honró su sepulcro con numerosos milagros. La congregación que había fundado no conservó mucho tiempo la independencia. Los «Boniti», como los llamaba el pueblo, llegaron a tener once conventos a los pocos años de la muerte de su fundador; pero en 1256 el papa Alejandro IV los fundió con otras congregaciones en la orden de los ermitaños de San Agustín. Los frailes agustinos y los agustinos de la Asunción celebran la fiesta del beato Juan Buoni, cuyo nombre fue incluido en el Martirologio Romano en 1672.
En Acta Sanctorum, oct., vol. IX, hay casi 200 páginas consagradas al beato; los principales documentos allí reunidos son una biografía relativamente extensa escrita por el agustino Ambrosio Calepinus, a principios del siglo XVI y las deposiciones de los testigos en el proceso de beatificación (1251, 1252 y 1254). Entre otras cosas, se habla de la inmunidad del beato a los efectos del fuego, ya que en cierta ocasión anduvo varios minutos sobre un montón de cenizas ardientes, sin recibir el menor daño.