A su vuelta, el celo por su religión hizo que cayera en una redada en una casa de católicos en la que estaba asistiendo a misa, y fue acusado de haberse reconciliado con la Iglesia católica, y haber reconocido al Papa como cabeza espiritual. Él reconoció claramente los cargos, y fue condenado a muerte por alta traición, sin embargo, se le ofreció la vida y la libertad si participaba en el culto protestante, a lo que se negó por motivos de conciencia. Su padre también le pidió que hiciera sólo ese gesto para salvar su vida, pero el muchacho le respondió que, a pesar de haber sido obediente en todo, no podía serlo ahora sin desobedecer a Dios.
Después de un largo encarcelamiento, fue ahorcado, arrastrado y descuartizado el 25 de marzo de 1593, con apenas 19 años, pena que sufrió con constancia y alegría. Su cabeza fue puesta en una picota en una de las puertas de la ciudad, y se cuenta que su padre acertó a pasar bajo ella, y le pareció que le hacía una reverencia, por lo que exclamó «¡Hijo mío, Jimmy, no sólo has sido obediente en vida, sino también después de muerto te inclinas ante tu padre; qué lejos de tu corazón cualquier deseo o voluntad de traición, o cualquier otra maldad!» Fue beatificado el 15 de diciembre de 1929.
Ver Challoner, Memoirs of Missionary Priests, I, pág. 176; la noticia de Challoner se basa en un manuscrito del Dr. Champney.