Francisco Gárate Aranguren nació el 3 de septiembre de 1857 en Azpeitia (Guipúzcoa), España, en un caserío muy cercano, a sólo 105 metros, de la Casa torre de Loyola. Fue el segundo de una familia de siete hermanos. De los 4 varones, tres fueron jesuitas. A la edad de 14 años dejó su casa para emplearse en trabajos domésticos en el recién abierto Colegio de Nuestra Señora de la Antigua, en Orduña, Vizcaya. En 1874 hizo discernimiento vocacional con los jesuitas y decidió ingresar en la Compañía de Jesús. Él y otros dos muchachos hicieron el viaje a pie hasta Poyanne, en el sur de Francia, donde estaba el Noviciado de los jesuitas españoles después de la Revolución de 1868. El país vasco era entonces escenario de la Tercera Guerra carlista.
El final de su noviciado coincidió con la paz de España y el retorno de los jesuitas españoles. Su primer trabajo fue el de Enfermero en el Colegio de la Guardia (Pontevedra) en la costa atlántica, y muy cercano a la frontera portuguesa. Allí estuvo 10 años y los estudiantes recordaron siempre su paciencia, entrega y caridad para todos y en especial para los enfermos. En 1888 fue destinado a Bilbao, a la portería de la Universidad de Deusto, donde va a permanecer 41 años, hasta su muerte. Portero y recepcionista, encargado de recibir a las personas que llegaban a la Universidad, como de todo lo relacionado con el edificio, aún en construcción, y de la planta telefónica instalada en 1916. Sacristán y jardinero y se cuida de tener limpios los patios.
Durante todo ese largo período, hasta 1929, pasaron por Deusto muchos jesuitas y personajes notables, pero el más recordado, siempre, por los universitarios fue el Hermano Gárate. Él los saludaba cariñosamente todas las mañanas al llegar a clases, los animaba, daba consejos y confortaba cuando tenían dificultades. Incluso, ayudó a muchos a copiar apuntes de clases. Atendió a los pobres, que conocedores de su bondad, le pedían alimentos y ropa. Los estudiantes lo llamaban cariñosamente «Hermano Finuras», por sus finos modales y delicadeza de alma. Tenía carisma especial para consolar a los alumnos o a los padres cuando sufrían por alguna asignatura o curso suspendidos. Su larga permanencia en Deusto, para él, no fue algo que considerara extraordinario, ni mucho menos heroico. Sabía que cumplía la voluntad del Señor manifestada por los superiores de la Compañía. Supo convertir esos años, de servicio y oración, como su patrono San Alonso Rodríguez en Mallorca, en un camino de santidad. Cayó agotado y enfermo el 8 de septiembre de 1929 y murió al día siguiente, sin dar molestias a nadie.
Sus restos, inhumados en el cementerio de Deusto, fueron trasladados, con intervención del tribunal diocesano, a la Universidad de Deusto, y, tras su examen por parte del tribunal y de una comisión de peritos médicos, fueron encerrados en una caja de zinc y depositados en el pavimento de la capilla pública de la Universidad. Concluido el proceso ordinario de información en la diócesis de Vitoria, fué entregado en Roma en febrero de 1941. El 26 de febrero de 1950, por decreto de Pío XII, se introdujo su causa. Una reforma de la Universidad de Deusto provocó el traslado de los restos del Hermano Gárate, de la Capilla pública, a una Capilla en el vestíbulo de la Universidad, junto a la portería que él había guardado durante 41 años. El 11 de febrero de 1982, Juan Pablo II declaró solemnemente la heroicidad de las virtudes del Hermano Gárate. El decreto de aprobación del milagro que se le atribuía fue dado el 9 de mayo de 1985, y el 6 de octubre de 1985 Juan Pablo II procedió a su solemne beatificación. En ese mismo año, en vísperas de la beatificación, su casa natal, donada a la Compañía, fue restaurada.