Nació en Tartanedo (Guadalajara) el 18 de agosto de 1560. Huérfana de padre, fue educada cristianamente por sus abuelos paternos en Molina de Aragón. El jesuita A. de Castro la encaminó hacia el Carmelo. Ingresó en el convento de Toledo a los 17 años, vistió el hábito en 1577 y profesó al año siguiente. María de Jesús fue una de las hijas predilectas de Santa Teresa de Jesús. La Santa Madre, iluminada por una gracia especial, descubrió en ella los dones de santidad con que el Señor la había enriquecido y le comunicó su propio espíritu, creándose entre las dos una maravillosa sintonía espiritual que se prolongó incluso después de la muerte de la santa.
Al presentarla a las carmelitas de Toledo, les decía la santa Madre Teresa: «Cincuenta mil ducados diera yo de muy buena gana por ella. Mírenmela no como a las demás, porque espero en Dios, que ha de ser un prodigio». A pesar de su delicada salud, fue enfermera y sacristana, maestra de novicias y priora. Santa Teresa la llamaba con cariño «su letradilla».
Practicó las virtudes evangélicas con auténtico heroísmo. El amor fue su destino y la beata, contra todos los pesares y egoísmos sembrados en el alma por el enemigo malo, alcanzó las altas metas de la caridad. Fue acusada, calumniada y depuesta de su cargo de priora, penas que llevó con gran caridad y amor. Rica en méritos y rodeada de gran fama de santidad, murió en Toledo el 13 de septiembre de 1640. Fue beatificada por el papa Pablo VI el 14 de noviembre de 1976.
En el sitio del Vaticano puede leerse, en italiano, la homilía de Pablo VI en la misa de beatificación.