Nació alrededor del año de 1291 en Donauworth, Baviera, y fue educada en su casa paterna en las virtudes y en las letras. Alrededor del año de 1306 abrazó la vida religiosa entre las Hermanas de la Orden de Predicadores del monasterio de Médingen, de la diócesis de Augsburgo, dedicado a la Asunción de la Virgen Madre de Dios.
En 1311 llamada a mayor conversión para cumplir en todo la divina voluntad emprendió, a ejemplo de su Padre Domingo, una vida de mayor perfección «salvadora para sí misma, ejemplar para los hombres, agradable a los ángeles y grata a Dios». Robustecida con los dones del Espíritu Santo y unida a Cristo a través de muchas aflicciones, subió cada día hacia Dios por todos los grados de la contemplación, y el año 1347 alcanzó la suma unión de su alma con él.
Margarita es una de las grandes místicas renanas que vivieron en el siglo XIV en los más de setenta monasterios alemanes de la Orden de Predicadores. Amiga de Juan Tauler, estuvo también en frecuente relación con hombres de buena voluntad de entonces llamados «Amigos de Dios». Ella misma fue protagonista de una insigne experiencia mística cuyo testimonio autobiográfico aparece en «Las Revelaciones» o «Diarios» y la colección de elevaciones espirituales llamada «Padre nuestro», que nos instruye en el amor divino.
Voló a la mansión celeste el día 20 de junio de 1351. Su cuerpo se venera en la iglesia del convento de las franciscanas. en Médingen. Su culto inmemorial fue confirmado y ratificado por Juan Pablo II el 24 de febrero de 1979.