La primera parte de la vida de san Ruperto se ha conservado en la oscuridad y hubo una gran diferencia de opiniones respecto a la fecha en la que verdaderamente floreció. Según las fuentes más fidedignas fue franco, aunque Colgan lo considera irlandés, cuyo nombre gaélico habría sido Robert Tach. Se puede hoy afirmar con certeza que, antes de empezar sus campañas misioneras, ya era obispo de Worms y en ese caso, no hay ninguna dificultad en que haya visitado Roma, ya que como obispo no requería especial autorización para tal objeto. Probablemente alrededor del año 697, fue cuando llegó con varios compañeros a Regensburgo y se presentó ante el duque Theodo de Baviera, sin cuyo permiso nada se podía hacer. Probablemente llevaba consigo credenciales del rey franco Childeberto III, que siempre estuvo ansioso de la conversión de las provincias recientemente subyugadas. Parece que el duque era aún pagano, pero que su hermana era cristiana y no hay duda de que muchos en Baviera habían recibido el mensaje del Evangelio antes de esta fecha. Theodo no solamente dio la bienvenida a los recién llegados, sino que consintió en escuchar su predicación y en recibir sus enseñanzas. A su conversión y bautismo, siguió el de muchos nobles y no se presentó gran oposición al trabajo de los misioneros. El pueblo estuvo bien dispuesto y san Ruperto y sus compañeros cosecharon abundante fruto. Un templo pagano en Regensburgo y otro en Altotting, fueron casi inmediatamente adaptados para el culto cristiano. Se construyeron otras iglesias y casi toda la población fue instaurada en la fe cristiana. Los misioneros continuaron su camino a lo largo del Danubio; y en Lorch, san Ruperto llevó a cabo muchas conversiones y realizó muchas curaciones milagrosas.
No fue, sin embargo, ni en Regensburgo, ni en Lorch, donde el santo estableció su centro de actividades, sino en el antiguo y ruinoso pueblo de Juvavum, que el duque le donó y que fue reconstruido y llamado Salzburgo. La generosidad de Theodo permitió a Ruperto erigir una iglesia y un monasterio con su escuela, dedicados a San Pedro. Se levantaron además otros edificios sagrados. El valle vecino, con sus fuentes de agua salada, formaba parte de la donación del duque. San Ruperto fue hábilmente secundado por sus compañeros, tres de los cuales, Vital, Cunialdo y Gisilario, fueron después reconocidos como santos. No tardaron en necesitar urgente ayuda y Ruperto regresó a su tierra natal para reclutar misioneros y logró conseguir doce trabajadores más. Indujo también a su hermana o sobrina, santa Erentrudis, a ingresar a un monasterio que él construyó en Nonberg y del que fue la primera abadesa. Un gran número de iglesias y lugares llevan el nombre de San Ruperto y están tradicionalmente relacionados con él, pero muchos de ellos le fueron sin duda dedicados tiempo después. Además de su trabajo evangelizador, el santo hizo mucho por la civilización de sus conversos y promovió el desarrollo de las minas de sal. Fue él quien le dio a Juvavum el nombre actual de Salzburgo ("Ciudad de la sal"). Murió allí probablemente alrededor del año 710. La fiesta de san Ruperto se celebra en Austria, así como en Irlanda y Baviera.
La fuente más fidedigna es un documento conocido como «Gesta S. Rodberti», escrito en la primera mitad del siglo IX. Ha sido publicado por W. Levison en Monumenta Germaniae Historica, Scriptores Merov. Otros textos están citados en Biblioteca Hagiográfica Latina., nn. 7391-7403, pero son menos fidedignos. Ver también a Hauck, Kirchengeschichte Deutschlands, vol. I, p. 372 ss.; W. Levison en Neues Archiv, vol. XXVIII, p. 283 ss. y L. Gougaud, Les saints irlandais hors d´Irlande (1936). El nombre del santo aparece en diversas formas.