Nació en Verona el 8 de octubre de 1873, séptimo y último hijo de Luis, zapatero, y de Angela Foschio, empleada al servicio doméstico, mujer de grande fe, educada por el Siervo de Dios Padre Nicolás Mazza en su escuela de niñas pobres. Desde el nacimiento, para el niño Juan, la pobreza fue su maestra de vida. Cuando murió su papá, tuvo que interrumpir el cuarto año de escuela primaria para buscar un trabajo como ayudante. Descubriendo las virtudes del joven, el rector de San Lorenzo, Padre Pedro Scapini, lo preparó en privado para los exámenes de ingreso al seminario. Una vez superados, fue admitido y frecuentó el liceo como alumno externo. Al tercer año tuvo que interrumpirlo para hacer el servicio militar.
Ya joven se distinguió sobre todo por su gran caridad. De hecho, se puso al servicio de todos haciendo los trabajos más humillantes y peligrosos. Se ganó la admiración de sus compañeros y superiores, llevando a muchos de ellos a la conversión y a la práctica de la fe. Cuando terminó el servicio militar, retomó los estudios. Una fría noche de noviembre de 1897, cuando hacía su primer año de teología, volviendo de visitar a los enfermos en el hospital, encontró un niño acurrucado delante de su puerta; era fugitivo de los gitanos. Lo recogió y lo llevó en casa. Estuvo con él y al final lo acomodó en su pequeño dormitorio. Fue el principio de sus obras a favor de los huérfanos y abandonados.
Algunos meses más tarde, fundó la "Pía Unión para la asistencia de los enfermos pobres", reuniendo en torno a sí un buen grupo de seminaristas y de laicos. Eran éstos los inicios de una vida totalmente caracterizada por la caridad. "Cada instante de su vida fue la personificación del maravilloso cántico de San Pablo sobre la caridad", escribe en una carta postulatoria a Pablo VI una doctora hebrea salvada por el Padre Calabria de la persecución nazi y fascista, escondiéndola vestida de hermana, entre las religiosas de su Instituto.
Ordenado sacerdote el 11 de agosto de 1901, fue nombrado ayudante vicario en la parroquia de San Esteban y confesor en el seminario. Se dedicó con un particular celo a la confesión y al ejercicio de la caridad privilegiando sobre todo a los más pobres y marginados.
En el 1907, nombrado Vicario de la Rectoría de S. Benito del Monte, comenzó también a recibir y cuidar espiritualmente a los soldados. El 26 de noviembre de aquel año, en "Vicolo Case Rotte", dio inicio oficial al Instituto "Casa Buoni Fanciulli", que el año siguiente encontró la estabilidad definitiva en la calle San Zeno in Monte, en la actual Casa Madre.
Junto a los jóvenes el Señor le mandó laicos deseosos de compartir con él la propia donación al Señor. Con este puñado de hombres donados totalmente al Señor en el servicio a los pobres, con una vida radicalmente evangélica, hizo vivir a la Iglesia de Verona el clima de la Iglesia Apostólica. Y aquel primer núcleo de hombres fue la base de la "Congregación de los Pobres Siervos de la Divina Providencia" que será aprobada por el Obispo el 11 de febrero de 1932 y obtendrá la Aprobación Pontificia el 25 de abril de 1949. Inmediatamente después de la aprobación diocesana, la Congregación se extendió en varias partes de Italia, siempre al servicio de los pobres, de los abandonados y marginados. Prolongó su acción a los ancianos y a los enfermos dando vida para ellos a la "Cittadella della caritá ". El corazón apostólico del Padre Calabria pensó además en los Parias de la India, mandando en el 1934 cuatro Hermanos a Vijayavada. En el 1910 fundó también la rama femenina, las "Hermanas", que fue aprobada como Congregación de derecho diocesano el 25 de marzo de 1952 con el nombre de " Pobres Siervas de la Divina Providencia " y el 25 de diciembre de 1981 obtuvieron la Aprobación Pontificia.
Y para testimoniar todo esto, acogió gratuitamente en sus casas, jóvenes, material y moralmente necesitados. Hizo hospitales y casas de acogida para asistir en el cuerpo y en el espíritu a enfermos y ancianos. Abrió casas de formación para jóvenes y adultos pobres, a fin de ayudarlos a alcanzar la propia vocación sacerdotal o religiosa. Los asistió gratuitamente hasta la teología o a la definitiva decisión por la vida religiosa. Después los dejaba libres para elegir aquella diócesis o congregación que el Señor les hubiera inspirado. Estableció que sus religiosos ejercieran el apostolado en las zonas más pobres, "donde nada hay, humanamente, para recibir".
"Resplandeció como un faro luminoso en la Iglesia de Dios": Son exactamente éstas las palabras que el Card. Schuster hizo esculpir sobre su tumba. De hecho al comenzar desde el 1939-40 hasta la muerte, en contraste con su innato deseo de anonimato, alargó sus horizontes hasta alcanzar las fronteras de la Iglesia, "gritando" a todos que el mundo se puede salvar sólo si se retorna a Cristo y a su Evangelio. Fue así que se convirtió en una voz profética, un punto de referencia. Obispos, sacerdotes, religiosos y laicos vieron en él un guía seguro para ellos mismos y para sus iniciativas. Por eso los Obispos de la Conferencia Episcopal del Trivéneto, en la propia carta postulatoria al Papa Juan Pablo II, pudieron escribir: «El Padre Calabria, justo para preparar la Iglesia del Dos Mil -expresión a él familiar- hizo de su vida un continuo sufrir y una cuidadosa llamada a la conversión, a la renovación, a la hora de Jesús, con tonos impresionantes de perentoria urgencia... Nos parece que la vida del Padre Calabria y su misma persona constituyen una " profecía " de vuestro apasionado grito a todo el mundo: "Aperite portas Christo Redemptori!"».
Comprendió que en esta radical y profunda renovación espiritual del mundo tenían que ser comprometidos también los laicos. Para esto, en el 1944 fundó la "Familia de los Hermanos Externos", integrada, en efecto, por laicos. Rezó, escribió, actuó y sufrió por la unidad de los cristianos. Por eso, mantuvo fraternas relaciones con protestantes, ortodoxos y hebreos. Escribió, habló, amó, nunca discutió. Conquistó con el amor. El mismo pastor luterano Sune Wiman de Eskilstuna (Suiza) que tuvo con él un copioso intercambio epistolar, dirigió el 6 de marzo de 1964 una carta postulatoria al Santo Padre Pablo VI para pedirle la glorificación de su venerado amigo.
Fue este período el más misteriosamente doloroso de su vida. Parecía que Cristo lo hubiera asociado a la angustia del Getsemaní y del Calvario, aceptando su ofrecimiento como "víctima" para la santificación de la Iglesia y para la salvación del mundo. El beato card. Schuster lo comparó al Siervo de Jahvé. Murió el 4 de diciembre del 1954. En la vigília, hizo su último gesto de caridad ofreciendo su vida al Señor por el Papa Pío XII, que agonizaba. El Señor había aceptado su oferta y, mientras él moría, el Papa, misteriosa e improvisamente recuperaba la salud viviendo con eficiencia otros cuatro años. El mismo Pontífice, sin saber del último gesto del Padre Calabria pero conocedor profundo de toda su vida, cuando recibió la noticia de su muerte, en un telegrama de condolencia a la Congregación, definió "campeón de evangélica caridad". Fue beatificado por el Papa Juan Pablo II el 17 de abril de 1988.