En la hagiografía es ya una frase hecha decir que un santo elevado a la sede episcopal, la acepta de mala gana; por regla general la mayoría debe haber aceptado esos cargos con poca voluntad. Pero en el caso de Bonifacio I es absolutamente cierto que no quería aceptar el cargo, ya que era un hombre anciano y sabía que, al ocupar la Silla de San Pedro, tendría que hacer frente a un temible rival: el antipapa Eulalio. El mismo día o tal vez el día anterior al de la elección de Bonifacio como papa, un grupo de diáconos se apoderó de la basílica de Letrán y ahí eligió papa a Eulalio, que contaba con muchos partidarios. El caos que aquellos hechos provocaron duró quince semanas, y fue necesaria la intervención del emperador Honorio para que Bonifacio pudiese tomar posesión de su Sede.
El Pontífice mezclaba a su carácter bondadoso y tranquilo una extraordinaria energía para gobernar; resistió con especial firmeza la alianza del emperador oriental con la sede de Constantinopla, así como en otras cuestiones de jurisdicción. Pero, al mismo tiempo que reiteraba que «el bendito Apóstol Pedro había recibido por la palabra de Nuestro Señor, el encargo de velar por toda la Iglesia», tuvo buen cuidado de vindicar los derechos de los obispos contra las usurpaciones de los vicarios papales. San Bonifacio apoyó decididamente a san Agustín en su lucha de oposición al pelagianismo y, cuando algunos miembros de esta doctrina le enviaron cartas con acusaciones contra sus oponentes, se las envió a san Agustín a manera de información. Como una muestra de su respeto y su gratitud, San Agustín dedicó al papa Bonifacio I la obra que escribió para responder a las críticas y envió el primer ejemplar a Roma por conducto de san Alipio.
San Bonifacio I murió en el año 422, tras de haber sido papa durante cuatro años escasos. Fue sepultado en el cementerio de Máximo sobre la nueva Via Salaria, cerca de la capilla que él mismo construyó sobre la tumba de santa Felicitas, por la que tenía gran veneración.
Nuestras fuentes de información más directas fueron el Líber Pontificalis con las notas de Duchesne, vol. I, pp. 217-229 y las cartas coleccionadas por Jaffé Kaltenbrunner, vol. I, pp. 52-54. Ver también el Acta Sanctorum sep. vol. II, DTC., vol. II, cc. 988-989, sin omitir la bibliografía; y a Grisar, en History of Rome and the Papacy pp. 219, 226, 466, 471