La ciudad de Milán fue su cuna, habiendo nacido y sido bautizado el mismo día 11 de marzo de 1841. Se le puso el nombre compuesto de Ángel-Hércules, que han sido como una premonición del espíritu y fuerza, que había de caracterizar su personalidad. Era el quinto de quince hijos del matrimonio formado por Luis Menni y Luisa Figini. En su hogar cálido y acogedor halló el apoyo y estímulo para su desarrollo intelectual y personalidad. Siguió pronto la llamada de DIos: fino de conciencia, dejó un buen trabajo en un banco y, altruista ante el que sufre, se ofreció a ayudar al traslado de los soldados heridos que llegaban de la batalla de Magenta, cerca de Milán. Admirado de la entrega que entonces descubrió en los Hermanos de San Juan de Dios, a los 19 años pidió el ingreso en la Orden Hospitalaria. Con el nombre de Benito inició la vida religiosa y se consagró a Dios y a la asistencia de los enfermos.
Durante sus estudios de enfermería y sacerdotales fue forjando su personalidad religioso-hospitalaria, que puso a disposición de los superiores, es decir de la causa en favor de la sociedad más necesitada, como eran tantos enfermos. España, la cuna de la Orden Hospitalaria, vivía entre luchas políticas en declarada hostilidad hacia lo religioso, mientras la obra de Juan de Dios había quedado prácticamente extinguida; necesitaba un impulso renovador, y Benito Menni será la persona providencial para su realización. Destinado a España en 1867, llevó a cabo sus dos grandes obras: la restauración de la Orden de San Juan de Dios y la fundación de la Congregación femenina, las Hermanas Hospitalarias del Sdo. Corazón de Jesús.
Mandado por el entonces General de la Orden Juan M. Alfieri, que siempre fue su apoyo, y con la bendición del papa Pío IX antes de salir de Roma, Benito Menni manifiesta desde el primer momento su fuerte voluntad y espíritu decidido. A los pocos meses abre con éxito el primer hospital infantil de España, en Barcelona (1867), que constituye el inicio de su extraordinaria obra restauradora, que dirigirá durante 36 años. Desde el primer momento, gracias a su empeño vocacional, se le unirán numerosos y generosos seguidores, con los cuales a su vez podrá dar continuidad a las nuevas instituciones hospitalarias, que se multiplicarán por España, Portugal y México, continuando después por todo el nuevo mundo.
Con la llegada a Granada (1878), Benito Menni entra en contacto con dos jóvenes, María Josefa Recio y María Angustias Giménez, las cuales serán en 1881 la semilla de una nueva Institución sanitaria, netamente femenina, con característica específica para la asistencia psiquiátrica. En Ciempozuelos, Madrid, tiene su origen y se constituye la Casa Madre de la Congregación de las Hermanas Hospitalarias del Sagrado Corazón de Jesús, que es aprobada por la Santa Sede en 1901.
Como signo de su identidad en el servicio hospitalario les transmite su lema en seis palabras: «rogar, trabajar, padecer, sufrir, amar a Dios y callar». Muy pronto, sin embargo, la nueva fundación extiende sus alas de caridad misericordiosa y se establece por diversos países de Europa y América Latina, y más tarde por África y Asia.
La magna obra que Benito Menni realizó como restaurador y fundador se extendió, llamado por la Santa Sede, en favor de toda la Orden siendo nombrado primero Visitador Apostólico de la misma (1909-1911) y a continuación Superior General (1911), a cuyo cargo, sin embargo, tuvo que renunciar un año después por incomprensiones y por motivos de salud. Sus dos últimos años los pasó en humildad y purificación, muriendo santamente, lleno de méritos, en Dinán, Francia, el 24 de abril de 1914.
Sus restos, trasladados por sus Hermanos de España a Ciempozuelos, hoy son venerados bajo el altar central de la «Capilla de los Fundadores» en la Casa Madre de sus Hijas Hospitalarias de Ciempozuelos. Fue canonizado en la Basílica Vaticana el 21 de noviembre de 1999.