Su fecha de nacimiento es incierta, pero parece que era ya muy anciano cuando subió al trono de Pedro, que ocupó menos de un año, en el 535-36. Era hijo de Gordiano, un sacerdote romano muerto en los disturbios de época del papa san Símaco. Unos pocos años antes, el papa Bonifacio II (uno de los pocos no canonizados en esos primeros siglos), había sido elegido en un confuso episodio, en el que rivalizó con el Alejandrino Dióscuro. Su contrincante murió al poco tiempo, por lo que el cisma no llegó a mayores, pero Bonifacio no se contentó con haber quedado como el legítimo, sino que lanzó un anatema contra Dióscuro a título póstumo, que hizo firmar a sus partidarios y archivar en los anales de Roma. Semejante ensañamiento era inapropiado e indigno, y el primer acto de Agapito al llegar a la sede de Pedro fue desarchivar el anatema y quemarlo públicamente, una manera de limpiar la honorabilidad del trono petrino. Confirmó los decretos del concilio de Cartago, según el cual los convertidos del arrianismo fueron declarados inelegibles a las sagradas órdenes, así como otros actos de un gobierno de la Iglesia que ya tiene verdaderamente características universales, al menos en relación a Occidente.
Pero sin embargo la actuación principal de este papa no fue en Roma sino en Oriente, en Constantinopla, donde al poco tiempo de elegido, murió: el rey godo Teodato pidió al papa que realizara ante Justiniano una gestión diplomática de la mayor importancia; el Emperador había mandado una expedición punitiva a Italia a cargo del General Belisario, para vengar la muerte de la regente de Ravena a manos del propio Teodato. El prestigio de Agapito debía ser suficiente para aplacar al Emperador, por lo que Agapito dejó la Urbe con una embajada de cinco obispos y un considerable séquito; tuvo que empeñar algunos vasos sagrados para pagar su viaje. En Constantinopla fue acogido como lo que verdaderamente era, la cabeza de la Iglesia Católica, pero Justiniano no se doblegó y la misión política fracasó.
Pero Agapito aprovechó su viaje para realizar gestiones eclesiales de importancia: instar al cumplimiento del Concilio de Calcedonia y deponer personalmente al patriarca Antimo I, de tendencias monofisitas pero que contaba con el favor del propio Emperador. Su destitución fue una verdadera prueba de fuerza de la libertad de la Iglesia frente al Imperio. En su lugar consagró él mismo a san Menas. Poco tiempo después, y aun en Constantinopla, murió, dejando sin embargo la convicción de su santidad no sólo en la Occidente sino en la Iglesia de Oriente. San Gregorio I lo califica de «trompeta del Evangelio y heraldo de la justicia».
Basado en Catholic Encyclopedia, en Mathieu-Rosay («Los papas...», ed. Rialp) y Butler-Guinea, 1964. Ver Acta Sanctorum, septiembre, VI (antiguamente se lo celebraba el 20 de septiembre), y Liber Pontificalis, ed. Duchesne.