Nació en Sisto, Oporto (Portugal), en 1551. Con tan solo 20 años migró a la India, y trabó relación con los jesuitas, quienes le aconsejaron entrar al servicio del rey de Portugal en la guarnición cristiana de Salsete. Este enclave era continuamente atacado por musulmanes, y tras caer en una ocasión cautivo de ellos, dejó las armas y dirigió su vida al comercio.
Sirvió a un mercader de Goa como administrador, pero más tarde se trasladó a Macao, donde cambió de patrón. Pasó, también como administrador, a trabajar para un comerciante, bajo cuyas tareas tenía que realizar frecuentes viajes. En un viaje a Japón, la nave Sâo sebastiâo fue arrastrada por un tifón y, luego de casi perder la vida, pudo desembarcar en Hirado. Esta experiencia le llevó a realizar el voto de consagrarse como jesuita. El superior del japón, Francisco Cabral, lo admitió como hermano, hacia el 1590.
Llevó una vida de entrega a las tareas misioneras de la Compañía en Japón, y fue durante 20 años sotoministro en Nagasaki. Desatendió la expulsión de cristianos de 1614 decretada por Tokugawa Ieyasu, y continuó en Nagasaki su trabajo misionero hasta que fue apresado en 1618, junto con el P. Carlos Spinola (que será martirizado en 1622) y el seglar Domingo Jorge (martirizado en 1619). Murió el 7 de enero de 1620 en la cárcel, de malos tratos, por lo que fue reconocido como mártir por Pío IX en la beatificación de los mártires del Japón de 1867. Se conservan del beato una pocas cartas.
Aunque el Martirologio Romano (incluso en su edición latina) escribe el apellido en la forma española «Fernández», corresponde, por ser portugués y no español, escribirlo Fernandes, y así aparece en la bibliografía especializada.
Ver la entrada del «Diccionario histórico de la Compañía de Jesús: biográfico-temático», Vol 2, pág 1394-5, por J Ruiz de Medina. Hay allí mismo bibliografía.