Nació el 21 de septiembre de 1817 en Nysa, en Silesia de Opole (entonces diócesis de Breslavia), en el seno de una familia muy católica de la burguesía. Era la segunda hija de Carlos Antonio Merkert y María Bárbara Pfitzner. En el bautismo le pusieron los nombres de María Luisa. Sus padres y su hermana pertenecían a la Cofradía del Santo Sepulcro. Su padre murió cuando ella tenía un año. Su madre influyó mucho en la inclinación de sus dos hijas, María Luisa y Matilde, al servicio caritativo de los necesitados y a la vocación a la vida religiosa.
A la muerte de su madre, acaecida en 1842, decidió dedicarse totalmente a los pobres, a los enfermos y a los abandonados. Aconsejada por su confesor, junto con su hermana Matilde y con Francisca Werner, se unió a Clara Wolff, joven virtuosa y terciaria franciscana, que había decidido servir a los enfermos y a los pobres a domicilio. Comenzaron la actividad caritativa en Nysa el 27 de septiembre de 1842. Se prepararon para dar ese paso con la confesión, la comunión y un acto de consagración al Sacratísimo Corazón de Jesús. El presbítero Francisco Javier Fischer les dio la bendición. A partir de entonces, María cumplía diariamente los compromisos asumidos, asistiendo a los enfermos y a los pobres en sus casas y recogiendo limosnas para los necesitados. El 8 de mayo de 1846 murió su hermana Matilde, que se había contagiado de tifus mientras cuidaba a los enfermos.
María Merkert, con Clara Wolff, se dirigió a las Hermanas de la Misericordia de San Carlos Borromeo en Praga, para un período de noviciado, trabajando como enfermera en los hospitales de Podole, Litomierzyce y Nysa. Notando que estas religiosas consideraban secundaria la asistencia de los enfermos a domicilio, dejó su noviciado el 30 de junio de 1850, si bien la formación recibida en ese período le sirvió de mucho. No faltaron incomprensiones, pero María pudo dedicarse totalmente al proyecto original de la asistencia a domicilio de los enfermos, los pobres y los más necesitados.
El 19 de noviembre de 1850, fiesta de santa Isabel de Hungría, María Merkert y Francisca Werner, llenas de confianza en Dios, reemprendieron en Nysa la actividad caritativa-apostólica, escogiendo a santa Isabel, llena de amor a Dios y a los indigentes, por patrona de la comunidad naciente. Nueve años más tarde, el 4 de septiembre de 1859, la Asociación de santa Isabel recibió la aprobación por parte del obispo de Breslavia. El 15 de diciembre sucesivo se celebró el primer capítulo general, que eligió a María Merkert como superiora general. El 5 de mayo de 1860, María, junto con otras veinticinco religiosas hizo los votos de castidad, pobreza y obediencia, a los que añadieron un cuarto voto de servir a los enfermos y necesitados. En los años 1863-1865 construyó en Nysa la casa madre de la congregación; el instituto obtuvo el reconocimiento jurídico estatal en 1864. El 7 de junio de 1871, el Papa Pío IX le concedió el "Decretum laudis"; y León XIII le otorgó la aprobación definitiva en 1887.
El amor a Dios impulsaba a María al amor al prójimo, en favor del cual gastó todas sus energías hasta la muerte. La asistencia a los enfermos y abandonados en sus domicilios no distraía a la sierva de Dios de la vida de oración, pues en su relación íntima con el Señor y en la filial devoción al Sacratísimo Corazón de Jesús encontraba la fuerza para su obra caritativa; sentía también una gran devoción a la Virgen, a la que tenía como modelo de fe y mediadora.
Se preocupaba mucho por sus religiosas, a las que instruía intelectual y espiritualmente en un espíritu de humildad profunda. En sus veintidós años de gobierno, formó a casi quinientas hermanas y fundó noventa casas, distribuidas en nueve diócesis y en dos vicariatos apostólicos. La llamaban "la querida madre de todos" y "la samaritana de Silesia".
Murió con fama de santidad el 14 de noviembre de 1872 y esa fama fue aumentando después de su muerte. SS Benedicto XVI la beatificó el 30 de septiembre de 2007.