Nació en Bilbao (España) el 25 de julio de 1884. Fue bautizada con el nombre de Pilar. Mantuvo toda la vida una relación afectiva y espiritual muy intensa con su hermana gemela Leonor. Siendo adolescente, su madre, intentando alejarla de una amistad prematura con un joven marino, decidió llevarla al colegio internado de las religiosas Mercedarias en Bérriz. Allí sintió la llamada de Dios a una consagración total como religiosa misionera.
A los 19 años, el 10 de agosto de 1903 ingresó en la Congregación, tomando el nombre de Margarita María. Pocos días antes su hermana Leonor había ingresado en el noviciado de las Carmelitas de la Caridad, de Vitoria (murió misionera en Argentina, y su causa de beatificación está incoada). Desde el primer momento se entregó a Dios con una fidelidad total en su vida de monja de clausura. En 1906 comenzó a trabajar en el colegio, donde estuvo más de veinte años. Son dos las principales características que la distinguen: su afición a la oración y su caridad exquisita. En ellas su vocación mercedaria, de redención de cautivos, se fue ampliando y actualizando.
Es en esa vida de oración constante, fiel, en su intimidad con el Señor, donde su caridad, su vocación mercedaria de redención de cautivos se fue ampliando y alcanzando nuevos y más amplios horizontes. Fue ahondando en el deseo de hacer llegar al mundo entero la dicha que ella gozaba en la comunicación con Dios y el amor a Jesucristo que sentía crecer más y más en su interior. El 5 de mayo de 1912 escribía: «Yo no deseo más que darle a conocer a los que me ha encomendado, que es el mundo entero». Desde entonces sus ansias de llegar a abarcar el mundo entero se fueron dilatando, primero en la oración y luego en su trabajo con las alumnas del colegio anexo al monasterio. Compartió sus inquietudes con la comendadora del monasterio, María Nieves Urízar y entusiasmó con ellas a la comunidad entera.
En el año 1913 comenta que le gusta pedir por los misioneros. Poco a poco, por diversas circunstancias, fue conociendo a algunos y mantuvo con ellos una comunicación frecuente. Estas cartas, cargadas con abundantes experiencias misioneras, fueron sembrando en su tierra, bien abonada, una semilla que fructificó en realidades insospechadas en aquel entonces convento de clausura. Eran los años del despertar misionero en España. En el colegio inició, en el año 1920, una asociación «Juventud Mercedaria Misionera de Bérriz» y a través de ella formó en el espíritu misionero a varias generaciones de jóvenes que, como religiosas o como esposas, supieron vivir el ideal misionero allí donde Dios las iba llamando.
Todo este movimiento misional no podía quedar encerrado en el interior de un monasterio de clausura. La respuesta a los signos de los tiempos pedía algo más. El Espíritu inspiraba con fuerza y las monjas, impulsadas por él, abrieron las rejas del convento y se dispersaron en el lejano Oriente. China, las islas de Oceanía (Saipán y Ponapé) y Japón, supieron de su audacia misionera. Eran fundaciones vinculadas a la casa madre y en las que el fuego misionero iba creciendo más y más, con el contacto, preocupación y ayuda a aquellas primeras misioneras.
Margarita María, elegida comendadora del convento, acompañó personalmente, en 1928, a la tercera expedición, para ver de cerca las misiones y hacerse cargo de las exigencias apostólicas de la nueva vida misionera, con la mirada puesta en transformar el convento en instituto misionero. Tal transformación tuvo lugar en 1930, por petición de las 94 monjas, petición sellada con un sí unánime en votación secreta, como lo pedía Roma. Este fue el gran anhelo de Margarita María: la formación del instituto de Mercedarias Misioneras de Bérriz, que pudiera llevar la buena nueva de la Redención y liberación hasta el fin del mundo, viviendo el cuarto voto redentor de permanecer en la misión cuando hubiere peligro de perder la vida. Y a este instituto dejó en herencia una rica espiritualidad, que alcanzó su cumbre en los últimos años de su vida, en una experiencia contemplativa y gozosa de Cristo redentor:
«El conocimiento de Jesucristo me absorbe y llena de gozo. Todo parece que contribuye, de un tiempo a esta parte, a esclarecer el misterio de la redención con todas sus derivaciones para mi alma y la Iglesia. Y es un gozo nuevo, cumplido, profundo, que me hace sentirme como radicada en una verdad profunda que da estabilidad a todo mi ser... Todo tiende alegremente a afirmarse en Dios Padre amorosísimo, que por su voluntad libérrima nos envía a su Hijo a redimirnos y a hacernos, por él, hijos suyos adoptivos...» (diciembre de 1933).
Murió el 23 de julio de 1934, dos días antes de cumplir 50 años. Fue beatificada el 22 de octubre de 2006 en Bilbao, España.