En 1867, el mismo año en que se reanudó la persecución en Urakami, aunque no llegó al derramamiento de sangre, el Papa Pío IX beatificó a 205 mártires del Japón, de entre los cuales el Martirologio Franciscano cuenta con dieciocho miembros de la primera orden y veintidós terciarios. Por diversas causas (entre las que desgraciadamente nos vemos obligados a reconocer la de los celos nacionales y aun las rivalidades religiosas entre los misioneros de varias órdenes) el "shogun" Ieyasu Tokugawa decretó que el cristianismo tenía que ser abolido. La persecución se inició en 1614, y los beatos franciscanos sufrieron el martirio entre los años 1617 y 1632. La persecución aumentó gradualmente en intensidad hasta 1622, cuando tuvo lugar la "gran matanza", en la cual fue una de las principales víctimas el beato Apolinar Franco. Era castellano, natural de Aguilar del Campo, y tras de recibir su doctorado en Salamanca, se hizo fraile menor de la observancia. En 1600, fue enviado a la misión de Filipinas y de ahí al Japón. Al empezar la persecución, fue nombrado comisionado general a cargo de la misión. Cuando se hallaba en Nagasaki, en 1617, oyó decir que no había quedado ni un solo sacerdote en la provincia de Omura, donde había numerosos cristianos, de manera que sin disfrazarse y sin tomar precaución alguna, se fue a ejercer entre ellos su ministerio. En seguida, fue arrojado en una inmunda prisión, donde permaneció cinco años. El padre Apolinar no cesó de dar consuelo a su grey por medio de mensajes y cartas, y administraba los sacramentos a los que lograban entrar en la cárcel. Varios otros cristianos estaban presos con él, y uno de sus hermanos en religión, el beato Ricardo De Santa Ana, escribió lo siguiente al padre guardián de su convento en Nivelles: «hace casi un año que estoy en esta miserable prisión donde me acompañan nueve religiosos de mi orden, ocho dominicos y seis jesuitas. Los restantes son cristianos japoneses que nos han ayudado mucho en nuestro ministerio. Algunos han estado aquí desde hace cinco años. No comemos otra cosa que un poco de arroz y sólo bebemos agua. El camino al martirio ha sido abierto para nosotros por más de trescientos mártires, todos japoneses, a quienes se infligió toda clase de torturas. Todos nosotros, los sobrevivientes, estamos destinados a morir. Nosotros los religiosos y aquéllos que nos han ayudado, estamos destinados a ser quemados en fuego lento; lo otros serán decapitados ... Si todavía vive mi madre, ruego a su reverencia que tenga a bien decirle que Dios me ha mostrado Su Misericordia al permitirme que sufra y muera por Él. Ya no me queda tiempo para escribirle a mi madre».
A principios de septiembre de 1622, veinte de los prisioneros fueron llevados a Nagasaki. El día 12, el Beato Apolinar y los otros siete que se quedaron con él en Omura, murieron quemados vivos, incluso los beatos Francisco De San Buenaventura y Pablo De Santa Clara, a quienes el padre Apolinar impuso el hábito franciscano mientras se hallaba en prisión. Dos días antes, los que habían sido llevados a Nagasaki sufrieron allí la misma suerte. Entre los franciscanos figuraba el beato Ricardo, a quien ya mencionamos, y la beata Lucía De Freitas. Esta era una japonesa noble, viuda de un mercader portugués. Lucía se hizo terciaria franciscana y, durante el resto de su vida, se dedicó a la causa de los pobres y al socorro de los cristianos perseguidos. Se le infligió la espantosa muerte en la hoguera, cuando tenía más de ochenta años de edad. Había sido capturada porque en su casa vivía escondido fray Ricardo de Santa Ana. Entre los confesores que fueron llevados de la prisión de Omura a Nagasaki, como ya se dijo anteriormente, se hallaban el beato Carlos Spinola y el beato Sebastián Kimura de la Compañía de Jesús. El Beato Carlos, natural de Italia, tras un fracasado intento de llegar al Japón, desembarcó, por fin, en sus costas a fines del siglo diecisiete y durante dieciocho años trabajó ahí como misionero. Por aquel entonces, los jesuitas (y también los lazaritas) del Lejano Oriente, hicieron un estudio especial y prácticas intensas de astronomía que les valieron la admiración y el favor de las autoridades de China y de Japón. El Beato Carlos era un hábil matemático y astrónomo y, en 1612, escribió un tratado técnico sobre el eclipse lunar que se vio en Nagasaki. Seis años después, fue detenido y, en la prisión donde fue encerrado, en Omura, se encontraba ya el Beato Sebastián Kimura, uno de los primeros japoneses que fueran ordenados sacerdotes, descendiente de un convertido que había sido bautizado por san Francisco Javier. El 10 de septiembre de 1622, los dos jesuitas y varios compañeros fueron conducidos al sitio de la ejecución, sobre una colina, en las afueras de Nagasaki, pero tuvieron que esperar ahí más de una hora hasta que llegaron otros confesores condenados a morir, desde la propia Nagasaki. Fue un momento conmovedor aquel en que, frente a numerosos cristianos y paganos que se habían reunido en torno a la colina, los dos grupos elegidos se encontraron y se saludaron con mucha reverencia y gravedad. Entre los que habían llegado al último se encontraba la beata Isabel Fernández, una viuda española condenada por haber dado hospedaje al padre Carlos, quien le había bautizado a un hijo. «¿Dónde está mi pequeño Ignacio?», preguntó el sacerdote al verla. «Aquí lo tiene, padre», replicó Isabel al tiempo que sacaba de entre las gente a un chiquillo como de cuatro años. «Lo traje conmigo -agregó- para que muera por Cristo antes de que crezca más y lo ofenda». El niño se arrodilló para que el padre Spinola lo bendijera. Miró cómo le cortaban la cabeza a su madre y, luego, se desabotonó el cuello de la camisa y se ofreció a la espada del verdugo. A los sacerdotes y algunos de los otros cristianos se les reservaba una muerte más terrible. Fueron atados a sendos postes, en torno a los cuales, como a un metro y veinticinco centímetros de distancia, se encedía una hoguera. Cuando las llamas amenazaban con quemar rápidamente a las víctimas, los verdugos arrojaban agua sobre la leña para disminuir la fuerza del fuego. Algunos murieron en una hora o poco más, sofocados por el humo y el calor; entre éstos se encontraban el padre Carlos y el padre Sebastián. A otros, se les prolongó la espantosa agonía hasta bien entrada la noche y aun hasta el siguiente amanecer. Dos jóvenes japoneses fiaqueron y pidieron misericordia: no pedían la vida a cambio de renegar de su fe, sino solamente una muerte más rápida y menos cruel. Aun eso les fue negado, y los dos japoneses murieron como los demás. Tal vez en aquella ocasión, la escena del martirio fue más dramática e impresionante que en otras muchas durante la persecución.
Entre los condenados figuraban muchos japoneses: el beato Clemente Vom y su hijo, el beato Antonio; el beato Domingo Xamada y su esposa, la beata Clara; el catequista, beato León Satzuma; cinco mujeres que llevaban todas el nombre de María y se apellidaban, respectivamente: Tanaura, Tanaca, Tocuan, Xum y Sanga, las últimas cuatro murieron junto con sus esposos; los niños, beatos Pedro Nangaxi, Pedro Sanga y Miguel Amiki, éste último, de cinco años de edad, murió junto con su padre el anciano beato Tomás Xiquiro y un coreano, el beato Antonio, con su esposa y un hijo pequeño. Todos estos fueron decapitados. Cinco días después, en la localidad de Firando, pereció en la hoguera el beato Camilo Costanzo, un jesuita italiano, natural de Calabría. Durante nueve años, había sido misionero en el Japón, hasta que fue desterrado, en 1611. En Macao escribió varios tratados en japonés para defender al cristianismo de los ataques de los paganos. En 1621, regresó clandestinamente, con el disfraz de un soldado. Al año siguiente se le capturó. La Compañía de Jesús celebra su fiesta el 25 de septiembre para unirla a la del beato Agustín Ota y el beato Gaspar Cotenda, catequistas japoneses, un niño de doce años, el beat0 Francisco Taquea y otro de siete, el beato Pedro Kikiemon ; a todos éstos los mataron los propios japoneses por simple odio a la fe cristiana, con dos o tres días de diferencia. Otro distinguido jesuita, el beato Pablo Navarro, fue quemado en vida en Shimabara, el l de noviembre del mismo año. Era italiano y estuvo largo tiempo en la India antes de misionar en el Japón. Llegó a dominar el idioma a la perfección, ejerció su ministerio con celo extraordinario en Nagasaki y otras partes y, durante veinte años, fue rector de la casa de los jesuitas en Amanguchi. Las cartas llenas de nobles y elevados conceptos que escribió el padre Navarro en vísperas de su martirio, fueron impresas en el segundo volumen de la «Histoire de la Religion Chrétienne au Japon» (1869), de L. Pagés. Así se consumó la «gran matanza» de 1622.
Richard Cocks, miembro de la tripulación de un barco inglés que por entonces se hallaba en el Japón, dio testimonio de haber visto unas cincuenta y cinco personas martirizadas al mismo tiempo en Miako. «Entre aquellas gentes había niños pequeños, de cinco o seis años, a los que quemaban en los brazos de sus madres y que gritaban con ellas: `¡Jesús, recibe nuestras almas!' Muchos otros, sigue diciendo el marino inglés en su testimonio, se hallan en prisión, donde esperan la muerte a cada instante, porque son muy pocos los que reniegan de su fe para salvarse».