Nació el 27 de octubre de 1809 en Tilburg, Holanda, de Arnoldo Denis Donders y Petronila Van den Brekel. Dado que los padres eran pobres, fue muy poco lo que los dos hijos pudieron estudiar ya que se vieron obligados a trabajar para ayudar a la familia. Desde niño, Pedro deseaba hacerse sacerdote. Quiso entrar en los redentoristas, pero fue rechazado por ser ya demasiado mayor. Después, con la ayuda del clero de la parroquia pudo iniciar sus estudios a los 22 años en el pequeño seminario. Fue ordenado sacerdote el 5 de junio de 1841.
Ahora, estudiante de teología, los superiores del seminario lo orientan hacia las misiones de la colonia holandesa del Surinam. Arribó a Paramaribo, la ciudad más importante, el 16 de septiembre de 1842 dedicándose inmediatamente al trabajo pastoral al que permanecería fiel hasta su muerte. Sus principales deberes fueron visitar las plantaciones a lo largo de los ríos de la colonia donde predicaba y administrar los sacramentos, especialmente a los esclavos. Sus cartas rebosan indignación contra los duros maltratos a los que eran sometidos los pueblos africanos condenados a trabajos forzados en las plantaciones.
En 1856 fue enviado al lugar donde se encontraban apartados los leprosos de Batavia. Este será el escenario - salvo algunas excepciones - de su dedicación de por vida. Su caridad lo impulsaba no sólo a socorrer espiritualmente a los enfermos, sino también a curarles personalmente aún cuando no logró convencer a las autoridades de que les suministraran los medicamentos apropiados. No obstante, de muchas otras maneras, logró mejorar las condiciones de vida de los leprosos gracias a sus esfuerzos por llamar la atención de las autoridades coloniales sobre las necesidades de los pobres enfermos. Cuando en 1866 llegaron los redentoristas para hacerse cargo de la misión del Surinam, el P. Donders, junto con uno de sus compañeros sacerdotes, pidieron entrar en la Congregación.
Los dos candidatos hicieron el noviciado con el Vicario Apostólico, Mons. Juan Bautista Winkels, y el 24 de junio de 1867 emitieron sus votos. El P. Donders regresó a Batavia. En vista de que obtuvo ayuda para los leprosos, pudo dedicarse a una actividad que hacía tiempo deseaba emprender. Como redentorista, prestó su atención a los indios del Surinam. Continuó en este trabajo, descuidado debido a la falta de operarios, hasta su muerte. Aprendió la lengua de los indios y los instruyó en la doctrina cristiana hasta que decayeron sus fuerzas y se vio obligado a dejar a otros este trabajo.
En 1883, el Vicario Apostólico, queriendo relevarle de obligaciones demasiado pesadas, lo trasladó a Paramaribo y, más tarde, a Coronie. En noviembre de 1885 regresó a Batavia. Se reintegró a sus ocupaciones anteriores hasta que su frágil salud le obligó a guardar cama en 1887. Su fama de santidad se difundió por el Surinam y por Holanda de donde era oriundo y se introdujo su causa de canonización. Pedro Donders sigue presente en todos los redentoristas que trabajan en América y que son continuadores de la obra evangelizadora de San Alfonso. El Papa Juan Pablo II lo proclamó beato el 23 de mayo de 1982.