Bonifacia Nace en Salamanca (España) el 6 de junio de 1837 en el seno de una familia artesana. Sus padres, Juan y María Natalia, eran profundamente cristianos, siendo su principal preocupación la educación en la fe de sus seis hijos, de los cuales Bonifacia era la mayor. Su primera escuela es el hogar de sus padres, donde Juan, sastre, tenía instalado su taller de costura, por lo que Bonifacia lo primero que ve al nacer es un taller. Terminados los estudios primarios, aprende el oficio de cordonera, con el que comienza, a la muerte de su padre, a ganarse la vida por cuenta ajena a los quince años, para ayudar a su madre a sacar adelante la familia. La necesidad de trabajar para vivir configura desde muy pronto su recia personalidad, experimentando en carne propia las duras condiciones de la mujer trabajadora de la época: horario agotador y exiguo jornal.
Pasadas las primeras estrecheces económicas, monta su propio taller de «cordonería, pasamanería y demás labores», en el que trabaja con el mayor recogimiento posible e imita la vida oculta de la Familia de Nazaret. Tenía gran devoción a María Inmaculada y a san José, devociones de suma actualidad después de la proclamación del dogma de la Inmaculada Concepción en 1854 y de la declaración de san José como patrono de la Iglesia universal en 1870.
A partir de 1865, fecha del matrimonio de Agustina, única de sus hermanos que alcanza la edad adulta, Bonifacia y su madre, que se habían quedado solas, se entregan a una vida de intensa piedad, acudiendo todos los días a la cercana Clerecía, iglesia regentada por la Compañía de Jesús. Un grupo de chicas de Salamanca, amigas suyas, atraídas por su testimonio de vida, comienzan a acudir a su casa-taller los domingos y festivos por la tarde para verse libres de las peligrosas diversiones de la época. Buscaban en Bonifacia una amiga que las ayudara. Juntas deciden formar la Asociación de la Inmaculada y san José, llamada después Asociación Josefina.
Bonifacia se siente llamada a la vida religiosa. Su gran devoción a María hace que su corazón vaya acariciando el proyecto de hacerse dominica en el convento salmantino de Santa María de Dueñas. Pero un acontecimiento de trascendental importancia va a cambiar el rumbo de su vida: el encuentro con el jesuita catalán Francisco Javier Butinyà i Hospital, natural de Bañolas-Girona (1834-1899), que llega a Salamanca en octubre de 1870 con una gran inquietud apostólica hacia el mundo de los trabajadores manuales. Para ellos estaba escribiendo «La luz del menestral, o sea, colección de vidas de fieles esclarecidos que se santificaron en profesiones humildes». Atraída por su mensaje evangelizador en torno a la santificación del trabajo, Bonifacia se pone bajo su dirección espiritual. A través de ella Butinyà entra en contacto con las chicas que frecuentaban su taller, la mayor parte también trabajadoras manuales.
Bonifacia le confía su decisión de hacerse dominica, pero Butinyà le propone fundar con él la Congregación de Siervas de san José, a lo que Bonifacia accede con docilidad. Juntamente con otras seis mujeres de la Asociación Josefina, entre ellas su madre, da inicio en Salamanca, en su proprio taller, a la vida de comunidad el 10 de enero de 1874, momento muy conflictivo en la vida política del país.
Tres días antes, el 7 de enero, el obispo de Salamanca, D. Joaquin Lluch i Garriga, había firmado el Decreto de Erección del Instituto. Catalán como Butinyà, natural de Manresa-Barcelona (1816-1882), desde el primer momento había secundado con el mayor entusiasmo la nueva fundación. Se trataba de un novedoso proyecto de vida religiosa femenina, inserta en el mundo del trabajo a la luz de la contemplación de la Sagrada Familia, recreando en las casas de la Congregación el Taller de Nazaret. En este taller las Siervas de san José ofrecían trabajo a las mujeres pobres que carecían de él, evitando así los peligros que en aquella época suponía para ellas salir a trabajar fuera de casa.
Era una forma de vida religiosa demasiado arriesgada para no tener oposición. En seguida es combatida por el clero diocesano de Salamanca, que no capta la hondura evangélica de esta forma de vida tan cercana al mundo del trabajo. A los tres meses de la fundación Francisco Butinyà es desterrado de España con sus compañeros jesuitas y en enero de 1875 el obispo Lluch i Garriga es trasladado como obispo a Barcelona. Bonifacia se ve sola al frente del Instituto a tan sólo un año de su nacimiento.
Los nuevos directores de la comunidad, nombrados por el obispo entre los sacerdotes seculares, siembran imprudentemente la desunión entres las hermanas, algunas de las cuales, apoyadas por ellos, comienzan a oponerse al taller como forma de vida y a la acogida de la mujer trabajadora en él. Bonifacia Rodríguez, fundadora, que encarnaba con perfección el proyecto que había dado origen a las Siervas de san José, no consiente cambios en el carisma definido por el P. Butinyà en las Constituciones. Pero el director de la Congregación, aprovechando un viaje de Bonifacia a Girona en 1882 (efectuado para establecer la unión con otras casas de Siervas de san José que Francisco Butinyà había fundado en Cataluña a su vuelta del destierro), promueve su destitución como superiora y orientadora del Instituto.
Humillaciones, rechazo, desprecios y calumnias recaen sobre ella para hacerla salir de Salamanca. La única respuesta de Bonifacia es el silencio, la humildad y el perdón. Sin una palabra de reivindicación o protesta, deja que se impriman en ella los rasgos de Jesús, silencioso ante quienes lo acusaban. Como solución al conflicto, Bonifacia propone al obispo de Salamanca, D. Narciso Martínez Izquierdo, la fundación de una nueva comunidad en Zamora. Aceptada jurídicamente por él y por el obispo de Zamora, D. Tomás Belestá y Cambeses, Bonifacia sale acompañada de su madre camino de esta ciudad el 25 de julio de 1883, llevando en su corazón el Taller de Nazaret, su tesoro. Y en Zamora le da vida con toda fidelidad, mientras en Salamanca comienzan las rectificaciones a un proyecto incomprendido.
La casa madre de Salamanca se desentiende totalmente de Bonifacia y de la fundación de Zamora, dejándola sola y marginada, y, bajo la guía de los superiores eclesiásticos, lleva a cabo modificaciones en las Constituciones de Butinyà para cambiar los fines del Instituto. El 1 de julio de 1901 León XIII concede la aprobación pontificia a las Siervas de san José, solicitada por la casa madre, quedando excluida la casa de Zamora. Es el momento cumbre de la humillación y despojo de Bonifacia, lo es también de su grandeza de corazón. No recibiendo contestación del obispo de Salamanca, D. Tomás Cámara y Castro, llevada por su fuerza de comunión, se pone en camino hacia Salamanca para hablar personalmente con aquellas hermanas. Pero al llegar a la Casa de santa Teresa le dicen: «tenemos órdenes de no recibirla», y se vuelve a Zamora con el corazón partido de dolor. Sólo se desahoga mansamente con estas palabras: «No volveré a la tierra que me vio nacer ni a esta querida Casa de santa Teresa». Y de nuevo el silencio sella sus labios, de modo que la comunidad de Zamora sólo después de su muerte se entera de lo ocurrido.
Ni siquiera este nuevo rechazo la separa de sus hijas de Salamanca y, llena de confianza en Dios, comienza a decir a las hermanas de Zamora: «cuando yo muera», segura de que la unión se realizaría cuando ella faltase. Con esta esperanza, rodeada del cariño de su comunidad y de la gente de Zamora que la veneraban como a una santa, fallece en esta ciudad el 8 de agosto de 1905. El 23 de enero de 1907 la casa de Zamora se incorpora al resto de la Congregación. Bonifacia es beatificada en 2003 y canonizada por Benedicto XVI en 2011.