Fue ordenado sacerdote en 1635 y al año siguiente, el 8 de abril de 1636, a los 31 años de edad, se embarcó para Quebec, en Canadá, y desde allí llegó en canoa al territorio de los indios hurones. Supera la desconfianza de estos prodigándose en la cura de las víctimas de una peste. De allí fue enviado a evangelizar la región sur de la Bahía de Georgia y aquí, en 1646, fundó dos misiones. Sin embargo, el 7 de diciembre de ese año la misión de San Juan, donde se encontraba el padre Carlos, es atacada por indios iroqueses, y el misionero es asesinado. Su memoria, como la de los demás mártires de Canadá, se celebra el 19 de octubre, en el grupo de los santos Juan de Brébeuf e Isaac Jogues, donde puede leerse una amplia hagiografía tomada del Butler-Guinea.