A pesar de que Antonio era de nacionalidad portuguesa y había nacido en Lisboa, adquirió el apellido por el que lo conoce el mundo, de la ciudad italiana de Padua, donde vivió hasta su muerte y donde todavía se veneran sus reliquias.
Vino al mundo en 1195 y en la pila bautismal se le llamó Fernando, nombre éste que cambió por el de Antonio al ingresar en la Orden de Frailes Menores, por devoción al gran patriarca de los monjes y patrono titular de la capilla en que recibió el hábito franciscano. Sus padres, jóvenes miembros de la nobleza de Portugal, dejaron que los clérigos de la Catedral de Lisboa se encargaran de impartir los primeros conocimientos al niño, pero cuando éste llegó a la edad de quince años, fue puesto al cuidado de los canónigos regulares de San Agustín, que tenían su casa cerca de la ciudad. Dos años después, obtuvo permiso para ser trasladado al priorato de Coimbra, por entonces capital de Portugal, a fin de evitar las distracciones que le causaban las constantes visitas de sus amistades. Una vez en Coimbra, se dedicó por entero a la plegaria y el estudio; gracias a su extraordinaria memoria retentiva, llegó a adquirir, en poco tiempo, los más amplios conocimientos sobre la Biblia. En el año de 1220, el rey Don Pedro de Portugal regresó de una expedición a Marruecos y trajo consigo las reliquias de los santos frailes franciscanos que, poco tiempo antes, habían obtenido allá un glorioso martirio. Fernando, que por entonces había pasado ocho años en Coimbra, se sintió profundamente conmovido a la vista de aquellos despojos y, al mismo tiempo, nació en lo íntimo de su corazón el anhelo de dar la vida por Cristo. Comprendió al punto que, como canónigo regular, nunca llegaría a realizar su aspiración y, desde aquel momento, buscó ansiosamente una oportunidad de poner en práctica sus deseos. La ocasión se presentó poco después, cuando algunos frailes franciscanos llegaron a hospedarse en el convento de la Santa Cruz, donde estaba Fernando; éste les abrió su corazón y fue tan empeñosa su insistencia, que a principios de 1221, se le admitió en la orden.
Casi inmediatamente después, se le autorizó para embarcar hacia Marruecos a fin de predicar el Evangelio a los moros. Pero no bien llegó a aquellas tierras donde pensaba conquistar la gloria, cuando fue atacado por una grave enfermedad que le dejó postrado e incapacitado durante varios meses y, a fin de cuentas, fue necesario devolverlo a Europa. La nave en que se embarcó, empujada por vientos contrarios, se desvió de la ruta y Fray Antonio se encontró en Messina, la capital de Sicilia. Con grandes penalidades, viajó desde la isla a la ciudad de Asís donde, según le habían informado sus hermanos en Sicilia, iba a llevarse a cabo un capítulo general. Aquella fue la gran asamblea de 1221, el último de los capítulos que admitió la participación de todos los miembros de la orden; estuvo presidido por el hermano Elías como vicario general y san Francisco, sentado a sus pies, estaba presente. Indudablemente que aquella reunión impresionó hondamente al joven fraile portugués.
Tras la clausura, los hermanos regresaron a los puestos que se les habían señalado, y Antonio fue a hacerse cargo de la solitaria ermita de San Paolo, cerca de Forli. Hasta ahora se discute el punto de si, por aquel entonces, Antonio era o no era sacerdote; pero lo positivo es que nadie ha puesto en tela de juicio los extraordinarios dones intelectuales y espirituales del joven y enfermizo fraile que nunca hablaba de sí mismo. Cuando no se le veía entregado a la oración en la capilla o en la cueva donde vivía, estaba al servicio de los otros frailes, ocupado sobre todo en la limpieza de los platos y cacharros, después del almuerzo comunal.
Mas no estaban destinadas a permanecer ocultas las claras luces de su intelecto. Sucedió que al celebrarse una ordenación en Forli, los candidatos franciscanos y dominicos se reunieron en el convento de los Frailes Menores de aquella ciudad. Seguramente a causa de algún malentendido, ninguno de los dominicos había acudido ya preparado a pronunciar la acostumbrada alocución durante la ceremonia y, como ninguno de los franciscanos se sentía capaz de llenar la brecha, se ordenó a san Antonio, ahí presente, que fuese a hablar y que dijese lo que el Espíritu Santo le inspirara. El joven obedeció sin chistar y, desde que abrió la boca hasta que terminó su improvisado discurso, todos los presentes le escucharon como arrobados, embargados por la emoción y por el asombro, a causa de la elocuencia, el fervor y la sabiduría de que hizo gala el orador. En cuanto el ministro provincial tuvo noticias sobre los talentos desplegados por el joven fraile portugués, lo mandó llamar a su solitaria ermita y lo envió a predicar en varias partes de la Romagna, una región que, por entonces, abarcaba toda la Lombardía.
En un momento, Antonio pasó de la oscuridad a la luz de la fama y obtuvo, sobre todo, resonantes éxitos en la conversión de los herejes, que abundaban en el norte de Italia, y que, en muchos casos, eran hombres de cierta posición y educación, a los que se podía llegar con argumentos razonables y ejemplos tomados de las Sagradas Escrituras. Además de la misión de predicador, se le dio el cargo de lector en teología entre sus hermanos. Aquella fue la primera vez que un miembro de la Orden Franciscana cumplía con aquella función. En una carta que, por lo general, se considera como perteneciente a san Francisco, se confirma este nombramiento con las siguientes palabras: «Al muy amado hermano Antonio, el hermano Francisco le saluda en Jesucristo. Me complace en extremo que seas tú el que lea la sagrada teología a los frailes, siempre que esos estudios no afecten al santo espíritu de plegaria y devoción que está de acuerdo con nuestra regla». Sin embargo, se advirtió cada vez con mayor claridad que, la verdadera misión del hermano Antonio estaba en el pulpito. Por cierto que poseía todas las cualidades del predicador: ciencia, elocuencia, un gran poder de persuasión, un ardiente celo por el bien de las almas y una voz sonora y bien timbrada que llegaba muy lejos. Por otra parte, se afirmaba que estaba dotado con el poder de obrar milagros y, a pesar de que era de corta estatura y con cierta inclinación a la corpulencia, poseía una personalidad extraordinariamente atractiva, casi magnética. A veces, bastaba su presencia para que los pecadores cayesen de rodillas a sus pies; parecía que de su persona irradiaba la santidad. A donde quiera que iba, las gentes le seguían en tropel para escucharle, y con eso había para que los criminales empedernidos, los indiferentes y los herejes, pidiesen confesión. Las gentes cerraban sus tiendas, oficinas y talleres para asistir a sus sermones; muchas veces sucedió que algunas mujeres salieron antes del alba o permanecieron toda la noche en la iglesia, para conseguir un lugar cerca del pulpito. Con frecuencia, las iglesias eran insuficientes para contener a los enormes auditorios y, para que nadie dejara de oírle, a menudo predicaba en las plazas públicas y en los mercados.
Poco después de la muerte de san Francisco, el hermano Antonio fue llamado, probablemente con la intención de nombrarle ministro provincial de la Emilia o la Romagna. En relación con la actitud que asumió el santo en las disensiones que surgieron en el seno de la orden, los modernos historiadores no dan crédito a la leyenda de que fue Antonio quien encabezó el movimiento de oposición al hermano Elías y a cualquier desviación de la regla original; esos historiadores señalan que el propio puesto de lector en teología, creado para él, era ya una innovación. Más bien parece que, en aquella ocasión, el santo actuó como un enviado del capítulo general del 1226 ante el Papa, Gregorio IX, para exponerle las cuestiones que hubiesen surgido, a fin de que el Pontífice manifestara su decisión. En aquella oportunidad, Antonio obtuvo del Papa la autorización para dejar su puesto de lector y dedicarse exclusivamente a la predicación. El Pontífice tenía una elevada opinión sobre el hermano Antonio, a quien cierta vez llamó «el Arca de los Testamentos», por los extraordinarios conocimientos que tenía de las Sagradas Escrituras.
Desde aquel momento, el lugar de residencia de San Antonio fue Padua, una ciudad donde anteriormente había trabajado, donde todos le amaban y veneraban y donde, en mayor grado que en cualquier otra parte, tuvo el privilegio de ver los abundantísimos frutos de su ministerio. Porque no solamente escuchaban sus sermones multitudes enormes, sino que éstos obtuvieron una muy amplia y general reforma de conducta. Las ancestrales disputas familiares se arreglaron definitivamente, los prisioneros quedaron en libertad y muchos de los que habían obtenido ganancias ilícitas las restituyeron, a veces en público, dejando títulos y dineros a los pies de san Antonio, para que éste los devolviera a sus legítimos dueños. Para beneficio de los pobres, denunció y combatió el muy ampliamente practicado vicio de la usura y luchó para que las autoridades aprobasen la ley que eximía de la pena de prisión a los deudores que se manifestasen dispuestos a desprenderse de sus posesiones para pagar a sus acreedores. Se dice que también se enfrentó abiertamente con el violento duque Eccelino para exigirle que dejase en libertad a ciertos ciudadanos de Verona que el duque había encarcelado. A pesar de que no consiguió realizar sus propósitos en favor de los presos, su actitud nos demuestra el respeto y la veneración de que gozaba, ya que se afirma que el duque le escuchó con paciencia y se le permitió partir, sin que nadie le molestara.
Después de predicar una serie de sermones durante la primavera de 1231, la salud de san Antonio comenzó a resentirse y se retiró a descansar, con otros dos frailes, a los bosques de Camposampiero. Bien pronto se dio cuenta de que sus días estaban contados y entonces pidió que le llevasen a Padua. No llegó vivo más que a los aledaños de la ciudad. El 13 de junio de 1231, en la habitación particular del capellán de las Clarisas Pobres de Arcella recibió los últimos sacramentos y pasó a recibir su recompensa en la vida eterna. Al morir tenía tan sólo treinta y cinco años de edad. Durante sus funerales se produjeron extraordinarias demostraciones de la honda veneración que se le tenía. Los paduanos han considerado siempre sus reliquias como el tesoro más preciado. San Antonio fue canonizado antes de que hubiese transcurrido un año desde su muerte; en esa ocasión, el Papa Gregorio IX pronunció la antífona «O doctor optime» en su honor y, de esta manera, se anticipó en siete siglos a la fecha del año 1946, cuando el Papa Pío XII declaró a san Antonio «Doctor de la Iglesia».
En este relato tan suscinto ha sido imposible describir o discutir algunos de los muchos milagros atribuidos al santo; pero ya sea que los hiciera o no, durante su vida en este mundo, lo que verdaderamente le ha otorgado el título de "milagroso san Antonio" es la interminable lista de favores y beneficios que ha obtenido del cielo para sus devotos, desde el momento de su muerte. Por regla general, a partir del siglo XVII, se ha representado a san Antonio con el Niño Jesús en los brazos; ello se debe a un suceso que tuvo mucha difusión y que ocurrió cuando san Antonio estaba de visita en la casa de un amigo. En un momento dado, éste se asomó por la ventana y vio al santo que contemplaba, arrobado, a un niño hermosísimo y resplandeciente que sostenía en sus brazos. En las representaciones anteriores al siglo XVII aparece san Antonio sin otro distintivo que un libro, símbolo de su sabiduría respecto a las Sagradas Escrituras. En ocasiones se le representó con un lirio en las manos y también junto a una mula que, según la leyenda, se arrodilló ante el Santísimo Sacramento que mostraba el santo; la actitud de la mula fue el motivo para que su dueño, un campesino escéptico, creyese en la presencia real. San Antonio es el patrón de los pobres y, ciertas limosnas especiales que se dan para obtener su intercesión se llaman «pan de san Antonio»; esta tradición comenzó a practicarse en 1890. No hay ninguna explicación satisfactoria sobre el motivo por el que se le invoca para encontrar los objetos perdidos, pero es muy posible que esa devoción esté relacionada con un suceso que se relata entre los milagros, en la "Chronica XXIV Generalium" (No. 21): un novicio huyó del convento y se llevó un valioso salterio que utilizaba san Antonio; el santo oró para que fuese recuperado su libro y, al instante, el novicio fugitivo se vio ante una aparición terrible y amenazante que le obligó a regresar al convento y devolver el libro.
Lo que se ha escrito en torno a San Antonio de Padua es tan abundante, que se puede decir, sin temor a errores, que sólo lo supera en cantidad lo que se ha escrito en torno a san Francisco de Asís. A pesar de todo esto, los conocimientos positivos que tenemos sobre la vida detallada de san Antonio, son extremadamente escasos y su biografía depende casi exclusivamente de las narraciones anónimas, cuya colección se titula con la primera palabra del escrito: «Assidua», y que fueron editadas originalmente en la Portugallae Monumenta Historica, vol. I (1856), pp. 116-130. Existe la posibilidad de que algunos de los sermones atribuidos al santo que se han conservado, nos proporcionen la esencia de sus discursos y un testimonio del espíritu que le inspiraba. En tiempos modernos se han publicado numerosas biografías de San Antonio. El libro Antonius von Padua in Leben und Kunst (1931), de B. Kleinschmidt, es un trabajo muy valioso por la atención con que se trata el aspecto artístico de la devoción a san Antonio. En 1949, los frailes conventuales de Padua publicaron un volumen de estudios para conmemoración del santo. Se ha discutido muy ampliamente la cuestión de si san Antonio realizó milagros durante su vida (véase a Felder, «Die Antonius Wunder», 1933, p. 156).