Reproduzco aquí la parte pertinente del relato sobre los 188 mártires del Japón publicado en L'Osservatore Romano, con ocasión de la beatificación, en noviembre de 2008 (el escrito completo de Mons. Esquerda Bifet puede leerse en la página del grupo):
El padre Tomás de San Agustín pertenecía a familia de mártires; así se afirma de sus padres, León y Clara. Fue ordenado sacerdote en 1626 o 1627 en Manila, en la Orden de San Agustín. Logró introducirse en Japón (Nagasaki), el año 1631, después de varios intentos y de un naufragio. Realizó su apostolado primero disfrazado de samurai, pudiendo así asistir a los cristianos detenidos en la cárcel, donde estaba preso también su superior, el mexicano Bartolomé Gutiérrez; muchos de ellos ya fueron beatificados por Pío IX. Luego, disfrazado de diversas maneras y escondido en lugares desconocidos y abruptos, lograba atender a los cristianos perseguidos. Las autoridades civiles organizaban verdaderas y costosas cacerías por los montes, pero le descubrieron cuando atendía a los cristianos en Nagasaki.
Fue apresado el 1 de noviembre de 1636, por ser cristiano y sacerdote. Por estos mismos motivos y por no querer delatar a sus protectores, sufrió martirio con refinados tormentos en la cárcel, intentando hacerle apostatar; pero el mártir proclamaba siempre su fe. Sufrió el martirio de la «horca y fosa» ya una primera vez los días 21-23 de agosto, llevándolo de nuevo a la cárcel para que apostatara. Nuevamente fue puesto en la «horca y fosa» el 6 de noviembre de 1637, cuando murió, junto con otros cristianos. Mostró gran fortaleza. Cuando lo llevaban al lugar del martirio, la colina de los mártires de Nagasaki, amordazado para que no predicara, no pudieron impedir que mostrara con gestos su adhesión a la fe.
Su nombre ha quedado ligado durante siglos a dos lugares ahora famosos (uno cerca de Nagasaki y otro en los montes), donde él atendía a los cristianos, desbaratando la búsqueda de los perseguidores. Su recuerdo y su martirio se conservaron durante siglos por parte de los cristianos ocultos.