Proviene de una familia de buena posición: hacendados, estimados por su generosidad. Tienen doce hijos, de los cuales tres son sacerdotes y cuatro religiosas. Juan, el noveno, es sacerdote en 1859, y repetinamente ingresa en el seminario para las misiones extranjeras, recién fundado. Con el los misioneros aspirantes son seis, y comienzan una preparación apasionada, aunque incompleta para el lugar al que serán enviados: Oceanía.
En marzo de 1852 se embarcan desde Londres para Australia cinco sacerdotes: Pablo reina, Carlos Solerio, Timoleón Raimondi, Ángel Ambrosoli Y Juan Mazzucconi, con ls catequista Luis Tacchini y José Corti. De Australia van a su campo de traabajo en octubre, divididos en dos grupos, a las islas Rook y Woodlark, en Nueva Guinea. Reciben las consginas de los misioneros Maristas, que se retiran agotados. Mazzucconi, con Reina, Ambrosoli y Corti, se establece en Rook. Enseguida enferman, y su aspecto sufriente vuelve aun más hostiles a los isleños. Mazzucconi descubre después que «los padres y madres matan a más de la mitad de sus hijos apenas nacem». Todo va mal, pero él acepta la situación, se empeña en comprender, piensa en cómo actuar, afronta dificultades y peligros. Después padece una fiebre tremenda, y debe ir aa Australia a curarse. Una vez curado se reembarca, y luego de cuatro meses reaparece en Woodlark, en la goleta Gazelle. Allí se entera que el catequista Corti ha muerto, y que todos los misioneros han tenido que volver a Australia, sin haber podido comunicarse con él. Queda entonces solo, con los hombres de la Gazelle. Y es el primero en morir: un notable de la isla, con el pretexto de saludar, se acerca a la embarcación, lo abate con un golpe de hacha en la cabeza. A la matanza sigue el saqueo, y arrojan los cuerpos al mar.
Después de meses una expedición de Australia arriba a la isleta, y recoge testimonios del crimen. A los lugares de sus trabajos y su suplicio, 125 años después ha vuelto un cohermano suyo del Seminario de las misiones, contemporáneo nuestro, que ha escrito acerca de Juan Mazzucconi: «No es alguien a quien podamos encasillar en un molde... es un joven moderno y actual, por la mentalidad que tenía, el camino que ha hecho, la vocación misionera que ha realizado» (Pedro Gheddo). SS Juan Pablo II lo beatificó en 1984.
Traducido para ETF de un artículo de Domenico Agasso en Famiglia Cristiana, que recogemos de Santi e beati.