Margarita era la sexta de los doce hijos de Abraham Bourgeoys, fabricante de cirios, y de su esposa, Guillermina Garnier. Había nacido en Troyes, la principal ciudad de Champaña, en 1620. A los veinte años, Margarita trató de entrar como postulante, primero entre las carmelitas y después entre las clarisas, pero ambas órdenes religiosas se negaron a aceptarla por razones que desconocemos. Margarita era muy conocida en Troyes, ya que era la presidenta de la congregación de Nuestra Señora del convento de las Canonesas de San Agustín, fundadas por san Pedro Fourier y la beata Alix Le Clercq. El P. Gendret, director espiritual de la santa, al ver que los dos conventos rechazaban a Margarita, interpretó esto como una señal del cielo de que estaba llamada a dirigir una congregación de religiosas sin clausura, que él proyectaba desde hacía tiempo. Así pues, Margarita y otras dos compañeras comenzaron la fundación; pero el asunto fracasó, y Margarita retornó a su casa. En todas estas dificultades la sostuvo una visión del Niño Jesús que, según la propia expresión de la santa, «desvió para siempre sus miradas de todas las bellezas de este mundo». En 1652, la hermana de Margarita, que era canonesa de San Agustín, recibió la visita de Pablo de Maisonneuve, gobernador de la colonia francesa de Ville-Marie (Montreal). El gobernador buscaba una maestra de escuela para su pequeña colonia, y Margarita, que desde hacía tiempo se interesaba por el Canadá, reconoció en esto el llamamiento divino y se decidió a partir. Llegó a Quebec el 22 de septiembre de 1653, y un mes más tarde, a Ville-Marie. La colonia se reducía a un fuerte en el que habitaban unas dos mil personas, un pequeño hospital, y una capilla atendida ocasionalmente por algún misionero jesuita.
Margarita hizo una especie de «noviciado no canónico», durante cuatro años. Cuidaba de la casa del gobernador, se encargaba de los pocos niños de la colonia, ayudaba a Juana Manee en el hospital, así como a las mujeres de la guarnición. Hizo restaurar la gran cruz de Montreal, que había sido destruida por los indios, y se las arregló para construir una nueva capilla dedicada a Nuestra Señora, que casi estaba terminada a la llegada de los cuatro «señores eclesiásticos» de San Sulpicio, en 1657. Al año siguiente inauguró la primera escuela de Montreal, en un antiguo establo y sin más de una docena de alumnos, con la ayuda de Margarita Picart. A pesar de ello, Margarita hacía planes para el futuro: la ciudad crecía y sin duda iba a aumentar su trabajo; por otra parte, había que pensar también en los hijos de los indios. ¿Dónde encontrar colaboradoras? Sólo existía una posibilidad: así pues, Margarita se embarcó con Juana Manee, rumbo a Francia. Doce meses después, estaba de vuelta con su antigua amiga, Catalina Crolo, y otras tres jóvenes.
Los años siguientes fueron agitados y duros a causa de la guerra contra los iroqueses. Sin embargo, la escuela siguió adelante, y Margarita añadió una nueva clase para los hijos de los indios, un curso de quehaceres domésticos para las jóvenes, y una congregación mariana. También Montreal iba creciendo. Al terminar la guerra iroquesa, empezó a convertirse en una verdadera ciudad. De 1660 a 1662, Margarita fue de nuevo a Francia. El rey Luis XIV autorizó oficialmente la obra de la santa, y ésta volvió a Montreal con media docena de jóvenes. Entonces, según parece, empezó a pensar en fundar una nueva congregación religiosa. A su regreso a Montreal, la incipiente comunidad atravesó un período de pobreza y dificultades; pero Dios premió la confianza que Margarita ponía en Él y, en 1676, el primer obispo de Quebec, Mons. de Laval, erigió canónicamente la primera casa de la Congregación de Nuestra Señora.
Pero las dificultades no habían terminado. Mons. de Laval tenía ideas muy personales sobre el futuro de la Congregación. Esto obligó a Margarita a ir por tercera vez a Francia, sin obtener ningún resultado. Además, en 1683, el convento se incendió, y dos hermanas murieron quemadas, entre ellas una sobrina de Margarita. Mons. de Laval juzgó que era el momento propicio para fusionar la reducida comunidad con las ursulinas, que habían llegado a Quebec desde 1639. Margarita manifestó humildemente al obispo que la clausura monástica arruinaría la obra, y éste no insistió. Pero el sucesor de Mons. de Laval, Mons. de Saint-Vallier, prelado irascible y obstinado, opuso gran resistencia a la santa, antes de decidirse a aceptar la idea de la primera comunidad de religiosas misioneras sin clausura que existió en la Iglesia. Finalmente, en 1698, las veinticuatro primeras hermanas pudieron hacer la profesión de votos simples. La madre Margarita había dejado de ser superiora desde hacía cinco años.
El primer pensionado de Montreal fue inaugurado en 1673, y la primera escuela para indios en 1676. En 1679, había ya dos jóvenes iroquesas en la congregación (Dos jóvenes de Nueva Inglaterra ingresaron en esa congregación francesa antes de la muerte de la fundadora. Dichas jóvenes habían sido hechas prisioneras por los abenakis, y se habían convertido al catolicismo en Montreal, después de haber sido rescatadas). Fuera de Ville-Marie, en la isla de Montreal (donde en 1689 los iraqueses asesinaron a todos los hombres, mujeres y niños que encontraron fuera del fuerte), se abrieron escuelas para las hijas de los franceses, y un poco más tarde, en los alrededores de Trois-Riviéres. En 1685, Mons. de Saint-Vallier llamó a las religiosas a Quebec, con lo que el número de misiones llegó a siete. La figura de Margarita de Bourgeoys, primera maestra de escuela de Montreal, se destaca en la historia de esa congregación que, habiendo comenzado oscuramente, debía llegar a contar con más de doscientas casas. Margarita, cor su indomable carácter, había triunfado de todos los obstáculos: de los ataques de los salvajes, del fuego, de las dificultades inherentes a la colonización, de la amenaza de la pobreza y de cierta falta de comprensión por parte de sus superiores. Como tantas otras fundadoras de congregaciones religiosas, Margarita es sobre todo conocida por su obra, en cuya creación sufrió la doble prueba de ver puesta en duda su capacidad de realización y de sentirse terriblemente indigna a los ojos de Dios. Pero el valor no era la menor de sus virtudes, y su ardiente deseo de ayudar a los niños y a todos sus prójimos la llevó siempre adelante. La santa decía: «Quiero a toda costa, no sólo amar a mis prójimos, sino hacerme amar de ellos».
C. W. Colby escribió, en «Canadian Types of the Old Regime» (New York, 1908): «Desde el momento de su llegada a Nueva Francia, Margarita se convirtió en la inspiración de cuantos la rodeaban. Menos austera que Juana Manee, menos mística que María de la Encarnación, Margarita reunía al fervor una buena cantidad de esas virtudes que se originan en la cordialidad humana. No creemos exagerar al decir que, durante cincuenta años, Margarita fue, por su influencia y por sus obras, la primera mujer de Montreal . . . La bondad irradiaba de toda su persona, y gran parte del éxito de su trabajo se debe a la sabiduría de sus métodos. Pero Margarita era sobre todo una maestra . . . Y lo mejor que puede hacer el biógrafo de mujeres como María de la Encarnación y Margarita Bourgeoys es contentarse con relatar los hechos, porque las mujeres de esa talla no necesitan de las alabanzas. La mejor alabanza que puede hacérseles es contar sus hechos con la impresionante sencillez de la verdad, sin añadir comentario alguno».
Desde el momento en que Margarita renunció al superiorato, a los setenta y tres años, su salud y sus fuerzas empezaron a debilitarse. Pero el fin llegó en forma inesperada. El último día del año de 1669, la fundadora ofreció su vida para salvar la de la maestra de novicias, que estaba gravemente enferma. La maestra de novicias recobró la salud, y la madre Bourgeoys murió el 12 de enero de 1700. Fue beatificada en 1950 y canonizada en 1982.
Existe una literatura abundante sobre la santa. Ella misma escribió por obediencia sus memorias, en 1698; su manuscrito se conserva en Montreal. En el seminario de Quebec se halla el manuscrito de una biografía inédita, escrita por Mons. C. de Glandelet en 1715. Existen varias biografías en francés, desde la de M. F. Ransonnet (1728) hasta la de Dom A. Jamet (dos volúmenes, 1942) y la del P. Y. Charron, Mere Bourgeoys (1950).