Algunas veces se llama Nilo el Joven a este santo abad, descendiente de una familia originaria de la ciudad de Magna, en Grecia, y nacido en la ciudad de Rossano, en Calabria, alrededor del año 910. En la pila bautismal recibió el nombre de Nicolás. Aparte de haber sido en su juventud «muy ferviente en la práctica de sus deberes religiosos y de todas las virtudes», como afirma Alban Butler, tuvo sus momentos de debilidad, de tibieza y descuido en los primeros años de su vida e incluso se ha discutido si la mujer que vivía con él y que le dio una hija, era su legítima esposa. Pero lo cierto es que, cuando Nicolás tenía treinta años, tanto su mujer como su hija murieron, y aquella doble pérdida junto con una serie de enfermedades y quebrantos, le hicieron volverse hacia Dios. Por aquel entonces, había un gran número de monasterios de los monjes del rito bizantino en el sur de Italia y, en uno de ellos recibió Nicolás el hábito y el nombre de Nilo. En varias oportunidades vivió en alguno de los distintos monasterios, después de haber pasado un período como ermitaño y, por fin, fue nombrado abad en el monasterio de San Adrián, cerca de San Demetrio Corone.
La fama de su santidad y su sabiduría se extendió por toda la comarca, y eran muchas las gentes que acudían a él en busca de consejo espiritual. En cierta ocasión, el arzobispo Teofilacto de Reggio, con el doméstico Leo y muchos sacerdotes y fieles, fue a visitarle con el propósito de poner a prueba su famosa erudición y habilidad. El abad conoció de antemano las intenciones del arzobispo y, antes de saludar al prelado y los otros miembros de la comitiva, rezó con ellos algunas oraciones y dejó en manos de Leo un libro en el que estaban escritas ciertas teorías sobre el pequeño número de los elegidos, ideas éstas que parecieron demasiado severas a la concurrencia. El santo abad se propuso demostrar entonces que dichas teorías estaban fundadas en los principios establecidos, no sólo por san Basilio, san Juan Crisóstomo, san Efraín, san Teodoro el Estudita y otros padres, sino por los del propio san Pablo y los del Evangelio. Para terminar su discurso, agregó estas palabras: «Las declaraciones parecen duras y aún terribles, pero mirad bien que sólo condenan las irregularidades de vuestras vidas. A menos que lleguéis a ser enteramente santos, no escaparéis de los eternos tormentos». Uno de los presentes preguntó al abad si Salomón se había condenado o salvado, a lo que él repuso: «¿Qué necesidad tenemos de saber si se ha salvado o no? En cambio, conviene reflexionar en que Cristo pronunció palabras de condenación contra todas las personas que cometen impurezas». Eso lo dijo porque sabía que la persona que le había preguntado era adicta a ese vicio. Después añadió: «Tal vez yo podría saber si tú te salvarás o te condenarás. En cuanto a Salomón, la Biblia no hace mención de su arrepentimiento, como lo hace del de Manases».
Eufraxio, un noble lleno de vanidad y de altivez, fue enviado desde la corte imperial de Constantinopla para gobernar la Calabria. San Nilo no le ofreció ningún presente a su llegada, como lo hicieron otros prelados y, por esa causa, el gobernador buscó pretextos para molestar al siervo de Dios. Sin embargo, cuando enfermó gravemente al poco tiempo de su arribo, envió a buscar a san Nilo, le pidió perdón, le rogó que orase por él y le suplicó que le impusiese el hábito de monje. A esto último se negó el abad durante largo tiempo, diciendo cada vez que el gobernador insistía: «Los votos que te fueron impuestos en el bautismo bastan para ti. La penitencia no requiere nuevos votos, sino un cambio sincero de corazón y de vida». Pero Eufraxio no estaba satisfecho y tanto insistió en su petición que, a la larga, el abad le concedió el hábito. Inmediatamente, el gobernador puso en libertad a todos sus esclavos, distribuyó sus bienes entre los pobres y, tres años más tarde, murió con una santa resignación.
Alrededor del año 981, las incursiones de los sarracenos en el sur de Italia obligaron a huir a san Nilo quien, junto con muchos de sus monjes y otros religiosos, representantes del monaquismo oriental, se acogió a la hospitalidad de la abadía de Monte Cassino, el centro del monaquismo occidental. Ahí fue recibido «como si san Antonio hubiese llegado de Alejandría o si el propio san Benito regresase del mundo de los muertos» y, luego de vivir durante algún tiempo en la abadía y de celebrar los oficios griegos en su iglesia, Aligerno, el abad benedictino, cedió para los fugitivos el monasterio de Vallelucio. Allí permanecieron los monjes de san Nilo quince años, hasta que se trasladaron a una nueva casa en Serperi, cerca de Gaeta. En el año 998, el emperador Otón III viajó a Roma con el propósito de expulsar a Filagatos, el obispo de Piacenza, a quien el senador Crescencio había instalado como antipapa, en contra de Gregorio V. En aquella ocasión, el abad Nilo se presentó ante el Papa y el emperador para suplicarles que tratasen con benignidad al antipapa. Filagatos («Juan XVI») era calabrés como el abad, y éste se había esforzado en vano por disuadir al otro del cisma y la traición. Las peticiones de Nilo fueron escuchadas con respeto, pero a fin de cuentas, no lograron modificar para nada la terrible crueldad con que fue tratado el anciano antipapa. Nilo protestó enérgicamente en contra de las injurias cometidas en la persona de Filagatos y, cuando el emperador envió a un alto prelado para darle explicaciones, el abad fingió estar dormido a fin de no recibir al enviado y evitarse discusiones. Al poco tiempo, el propio Otón visitó la «laura» de san Nilo y se sorprendió al ver que el monasterio consistía en algunas míseras cabañas. «Estos hombres -comentó el emperador- que viven voluntariamente en pobres chozas, son extranjeros en la tierra; en realidad, son ciudadanos del cielo». Nilo condujo al emperador, ante todo, a la iglesia, donde ambos oraron largo rato; después charló con él largamente en su celda. Otón insistió para que el abad aceptase algunas tierras de sus dominios y una renta que le permitiera establecer en ellas su propia abadía. Nilo le dio las gracias y agregó: «Si mis hijos son verdaderos monjes, nuestro divino Maestro no los abandonará cuando yo me haya ido. Dejadnos donde estamos». A la hora de la despedida, el emperador volvió a hacer otro vano intento para que aceptase algún presente. San Nilo puso ambas manos sobre el pecho del emperador y dijo: «Lo único que os pido, señor, es que salvéis vuestra alma. Sois emperador, pero habréis de morir y dar cuenta a Dios de vuestros actos, lo mismo que todos los hombres».
En el año de 1004 o de 1005, Nilo emprendió un viaje para visitar un monasterio al sur de Tusculum y, durante la jornada, cayó enfermo y debió quedarse en las colinas albanas. Ahí tuvo una visión de Nuestra Señora, quien le manifestó su deseo de que en aquel sitio estableciese una abadía para sus monjes. El abad se puso inmediatamente en movimiento: obtuvo del conde Gregorio de Tusculum una parcela de tierra en las estribaciones del Monte Cavo y mandó llamar a los miembros de su comunidad para instalarse en aquel sitio. Pero antes de iniciarse los trabajos, murió el anciano abad. La obra fue realizada por sus sucesores, especialmente por san Bartolomé, quien murió alrededor del año 1050. El monasterio de Grottaferrata, del cual se considera a san Nilo como primer abad y fundador, existe desde entonces en aquel lugar, habitado por monjes italo-griegos que han mantenido la liturgia y las modalidades bizantinas, a pocos kilómetros de distancia del mundo latino y católico.
La biografía de este santo, con auténtico valor histórico, fue escrita en griego por uno de sus discípulos, y su traducción al latín se halla impresa en Acta Sanctorum, sept. vol. VII. La misma biografía ha sido traducida en varias ocasiones al italiano, por G. Minasi, en San Nilo di Calabria (1893) y por A. Rocchi, en Vita di San Nilo Abate (1904). También fue este santo autor de poemas litúrgicos, y sus composiciones han sido editadas por Sofronio Grassisi en un volumen titulado Poesie di San Nilo juniore (1906). Sobre la cuestión del supuesto matrimonio de Nilo, véase a U. Benigni en Miscellanea di storia e coltura eclesiástica (1905), pp. 494-496. El autor es partidario de la suposición de que san Nilo no estaba casado con su mujer. Ver también a J. Gay en L´Italie méridionale et l´Empire Byzantin (1904), pp. 268-286.