Nació en Santo Domingo Antioquia, Colombia, el 14 de febrero de 1916. Realizó los estudios de primaria en su pueblo natal, cuando apenas iba a cumplir los 13 años, en febrero de 1929 ingresa al Seminario de Misiones Extrajeras de Yarumal fundado por Mons. Miguel Ángel Builes, obispo de Santa Rosa de Osos. Allí cursa humanidades y filosofía. El 3 de diciembre de 1936 emite la Promesa Jurada de Obediencia que lo incorpora al Instituto. Cursa luego estudios teológicos. Ordenado sacerdote el primero de septiembre de 1940. En 1944 obtiene el doctorado en teología.
El 10 de enero de 1971 es consagrado obispo titular de Strumniza, como Vicario Apostólico de Arauca. El 19 de julio de 1984 el vicariato fue elevado a diócesis y fue nombrado como el primer obispo residencial.
La vivencia de su episcopado, desde su consagración hasta el final de su vida, fue un testimonio continuado de celo ardiente y entrega generosa que corona con su muerte heroica el 2 de octubre de 1989 durante una visita pastoral a algunas parroquias rurales de su diócesis, a manos de una célula guerrillera.
He aquí algunos extractos de las circunstancias de su muerte tal como las describe el Boletín Comunicación SPEC del Secretariado Permanente del Episcopado:
“En las horas de la tarde del viernes 29 de septiembre, Monseñor Jesús Emilio Jaramillo se reunió con el equipo de Pastoral Profética de la Diócesis de Arauca, para preparar el Contenido del Boletín Diocesano en el que estaba muy interesado y para el que, esa noche, preparó el Editorial. Fue este su último escrito.
Al día siguiente tenía planeado hacer visita pastoral en la Parroquia de Fortul.
[...]
La visita pastoral a la parroquia de Fortul debía prolongarse, en los planes de Monseñor, hasta el 4 de octubre.
[...]
[iniciada la visita pastoral el domingo 1, hicieron distintas salidas desde la parroquia]
Siguiendo la ruta que conduce a Tame, salió el equipo misionero de Fortul y se apartó luego de este camino paro dirigirse a Puerto Nidia, a donde llegaron hacia las 9:00 a.m. para hacer la celebración prevista a las 11:00 a.m. según estaba en el programa.
La comunidad, los profesores, los niños etc. Recibieron con mucha alegría y entusiasmo a Monseñor. Se preveía que la celebración terminaría hacia las L2:40 p.m.
Pero los numerosos bautismos las primeras comuniones los matrimonios y confirmaciones, hicieron que la celebración terminara hacia las 2:00 p.m.
[...]
La comunidad despidió, alegre y agradecida, al equipo y le preguntó cuando iba a volver. Hacia las 2:30 p.m. salió el equipo finalmente para Fortul. Los comentarios del camino eran muy alegres y positivos. Monseñor Jesús Emilio Jaramillo se manifestaba contento por la magnífica recepción que le habían dado y porque había podido mostrar “la presencia de Dios que salva en una comunidad lejana”.
Habían caminado más o menos una hora y media cuando llegaron al caserío de Caranal Alto, cerca del cual hay un puente de tabla largo; al pasar este puente, tres personas armadas y vestidas como campesinos, le hicieron señas para que pararan. Preguntaron enseguida quien era Jesús Emilio Jaramillo, o lo que Monseñor contestó: Soy yo.
Con cordialidad y cortesía, las persones los invitaron a bajar todos del carro y volvieron a preguntar (a secas sin título alguno): ¿Quién es Jesús Emilio Jaramillo? Monseñor repitió la respuesta anterior. Entonces le dijeron que lo necesitaban para que llevara un comunicado al gobierno nacional y al intendente.
Al preguntárseles quiénes eran y qué pasaba, contestaron que pertenecían al Ejército de Liberación Nacional, que estaban secuestrados y que necesitaban a Jesús Emilio Jaramillo para que llevara un comunicado.
Luego preguntaron a los secuestrados quiénes sabían manejar carro; se les contestó que dos de los sacerdotes manejaban. Invitaron entonces a los integrantes del equipo, menos a Monseñor y al P. Helmer que manejaba, a que se quedaran a orilla de la carretera, cogieron un carro y fueran a Fortul y avisaran que monseñor Jesús Emilio Jaramillo estaba secuestrado porque el Ejército de Liberación Nacional lo necesitaba para enviar un comunicado al gobierno nacional.
Cuando el P. Helmer Muñoz se dio cuenta que querían llevarse a Monseñor, les manifestó que él también se iba pues estaba acompañando a Monseñor. Los secuestradores hicieron subir a monseñor en la parte de atrás del carro, en medio de dos de ellos, el otro se sentó a la derecha del P. Helmer en la parte de adelante. Fue entonces cuando los secuestradores observaron que en el tanque del vehículo sólo había un cuarto de gasolina y ordenaron echarle la gasolina, que ellos pagaron.
Siguieron por la carretera, relativamente nueva, que de Caranal va hacia Palmarito y conduce hacia Panamá de Arauca: se cambiaba prácticamente de ruta, se regresaba en vez de continuar hacia Fortul. Pasaron por La Paz, continuaron hacia Los Chorros, posaron por Aguachica. Era un trayecto que se había iniciado a las 3:30 p.m. y ya era bien entrada la noche, serían algo así como las 7:00 p.m., cuando en un lugar despoblado, los secuestradores hicieron bajar a Monseñor y al padre y les comunicaron que debían esperar allí órdenes de sus jefes. Le insinuaron al padre que se alejara pues ellos tenían que llevar a Monseñor solo.
Ante la insistencia del padre por quedarse y acompañar a Monseñor, él lo llamó aparte y le dijo: “Pongámonos en la presencia del Señor y que se haga su voluntad”. Se absolvieron mutuamente y monseñor le dijo el padre que por obediencia se alejara para que no se complicaran las cosas.
Uno de los secuestradores le dijo al padre que a monseñor no le iba a pasar nada, que regresara a Lo Esmeralda y que viniera dentro de unas dos horas por él.
Tanto el Padre como monseñor les dijeron a los secuestradores que miraran que ya era de noche y que monseñor era un poco anciano y por eso se le dificultaba andar.
Cuando ya el padre empezaba a alejarse despacio, uno de los secuestradores se acercó al padre y le dijo que lo mejor era que se alejara y volviera al día siguiente por la mañana por monseñor, que lo buscara despacio y que lo empezara a buscar desde la escuela que quedaba ahí cerca. Cuando el Padre se alejó escuchó las últimas palabras de Monseñor: “Yo hablo con quien haya que hablar, pero por favor a mi muchacho no le vayan a hacer nada”.
Cuando aún no salía el sol, al amanecer, el Padre empezó a buscar a Monseñor por los sitios donde se le había indicado la tarde anterior.
A eso de las 8:00 a.m., de la mañana, al lado derecho de la carretera, lo encontró muerto. Estaba boca arriba, en forma de cruz, hecho trizas, sin su anillo episcopal y con la cadena del pectoral destrozada, un poco de masa encefálica estaba a un lado. El padre lo absolvió, rezó, lo cubrió con unas ramas y se regresó hacia Caranal a buscar el inspector para hacer el levantamiento del cadáver; a cuantos se encontraba les decía que habían matado al Obispo, pero la gente no creía, les parecía imposible que eso hubiera sucedido. En Caranal no estaba el inspector, tampoco estaba de Aguachica. Solicitó entonces a la junta de Acción comunal de Caranal que lo acompañaran y con ellos hizo un acta de levantamiento y, envuelto en su alba y en la de Monseñor, echaron el cadáver en la camioneta de uno de los de la junta y se dirigieron hacia La Esmeralda. Pasaron por Santa Isabel y llegaron a Caranal. Allí se encontraron con la ambulancia y un pobre ataúd que el padre había solicitado al hospital de La Esmeralda. Se hizo una pequeña ceremonia religiosa presidida por el párroco quien se dirigió a los presentes y protestó por lo sucedido a su obispo.
Estando ya en La Esmeralda, a la que habían llegado hacia mediodía, llegó el intendente en un helicóptero y manifestó que venía par el cadáver de Monseñor. Como en el hospital de La Esmeralda no hacían las necropsias, se arregló un poquito el cadáver y salieron paro Arauca en cuyo hospital se preparó el cadáver para ponerlo en cámara ardiente y luego sepultarlo.
El miércoles 4 de octubre, en las horas de la mañana con la presencia de los dos cardenales de Colombio, el Sr. Nuncio, y unos veinte obispos se realizó el entierro de Monseñor en la Catedral de Arauca y con gran participación de sacerdotes, religiosos y fieles”.
Informaciones tomadas del sitio web dedicado al obispo: jesusemiliojaramillo.org