Margarita nació en 1255, en Palestrina, hija de Odón, de los Príncipes Colonna, y de Mabilia o Magdalena Orsini, que tenían otros dos hijos: Juan y Giacomo (Santiago). Corría en ella, por tanto, la sangre de dos de las más poderosas familias romanas, protagonistas de excepción de la historia de la ciudad de Roma, con fases de paz y fases de enconados enfrentamientos. Palestrina era la plaza fuerte de la familia. Las grandes familias romanas estaban estrechamente unidas al papado y a la curia.
Los años en los que vivió Margarita fueron tumultuosos y complicados para la Iglesia. La sede papal quedó vacante durante 20 años, el periodo más largo de su historia. Los pontificados que salían del cónclave eran demasiado breves, y eso perjudicaba su autoridad y prestigio, tan necesarios para mantener el equilibrio entre las pretensiones de Francia y del Imperio germano sobre el territorio italiano.
Desde la más tierna infancia había sido educada en las virtudes cristianas por su madre, que había conocido a san Francisco en la casa de su hermano Mateo. Pero ella y sus hermanos quedaron pronto huérfanos, primero de padre, y luego de madre. Quedó bajo la tutela de su hermano Juan, dos veces senador de Roma, quien le preparó un matrimonio prestigioso y conveniente para las alianzas nobiliarias, mas ella sólo deseaba ser esposa virginal de Jesucristo.
El 6 de marzo de 1273, apoyada por su otro hermano, el cardenal Giacomo Colonna, se retiró con otras dos jóvenes piadosas en la iglesia de Santa María de la Costa, en el Monte Prenestino, hoy llamado Castel San Pietro, donde fundaron una comunidad religiosa, sin aprobación canónica. Vistió el sayo de las damianitas, bajo el cual llevaba un cilicio ceñido a sus carnes. Entre ayunos y penitencias pedía al Señor le concediese su mayor deseo: ser clarisa. Así vivió unos años, siendo un escándalo para su familia.
Hacía sólo 20 años que había muerto santa Clara, y su ideal de vida y el de Francisco atraía a multitud de personas de toda condición social. A petición de Margarita, el ministro general de los frailes menores fray Jerónimo Masci, futuro papa Nicolás IV, le permitió entrar en el monasterio de santa Clara de Asís, pero los planes del Señor eran otros, y una enfermedad se lo impidió. Pensó entonces en retirarse con sus compañeras en el convento de la Méntola sobre el monte Guadagnolo, entre Palestrina y Tívoli, donde se veneraba una imagen de la Virgen a la que le tenía mucha devoción, pero era un feudo del conde de Poli, que no veía con buenos ojos a una Colonna en su territorio. Fue por eso que, al poco tiempo, se trasladó a Roma, y pasó largo tiempo como huésped de una noble muy piadosa y generosa, llamada Altrudis, apodada “de los pobres” por aquellos a quienes ella había dado sus bienes. Hasta que, en 1278, con ayuda de su hermano cardenal, regresó al monte Prenestrino, junto a su ciudad natal, para fundar un monasterio donde se viviera pobremente y se alabara al Señor día y noche.
Ella misma se ocupó de la formación de sus compañeras; pero su caridad se extendía más allá, hasta los enfermos y pobres de la comarca. Cada año, para la fiesta de San Juan Bautista, del que era muy devota, organizaba para ellos una comida. Cuenta la tradición que, en cierta ocasión, se presentaron Jesús y el Bautista a su mesa, pero desaparecieron cuando los reconoció Margarita. Toda su rica dote fue a parar a manos de los pobres y enfermos. Una vez agotado su patrimonio personal, no permitió que sus hermanos le ayudasen, sino que prefirió vivir como franciscana, y no le importó recurrir a la “Mesa del Señor”, pidiendo limosna de puerta en puerta, para continuar su obra en favor de los pobres.
Practicó de manera heroica todas las virtudes, edificando al pueblo con la oración asidua y el ejemplo de una caridad heroica. Con ocasión de una epidemia, Margarita se hizo “toda para todos” asistiendo maternalmente a los hermanos enfermos y corrió también en ayuda de los franciscanos de Zagarolo. Otra vez acogió en casa a un leproso de Poli, comiendo y bebiendo en el mismo plato y, en un ímpetu de amor, besó aquellas repugnantes llagas. Sería demasiado prolijo recordar todas las manifestaciones de la intensa vida mística de Margarita: la observancia escrupulosa de la regla de Santa Clara, el amor a la pobreza, la continua unión con Dios, los éxtasis, las efusiones de lágrimas, las frecuentes visiones celestiales, el matrimonio místico con el Señor, quien se le apareció colocándole un anillo en el dedo y una corona de lirios sobre la cabeza y le imprimió la llaga del corazón.
Durante siete años sobrellevó pacientemente una herida ulcerosa en el costado, como si llevara una llaga de la pasión de Jesucristo. Aún no había cumplido los 30 años cuando murió al alba del 30 de diciembre de 1284, a causa de la úlcera y de unas fiebres altísimas. Su muerte fue en todo digna de una perfecta hija de San Francisco, el cual por amor de dama pobreza quiso morir desnudo sobre la desnuda tierra. La noche de Navidad se le había aparecido la Virgen con el Niño en brazos, y la dejó en un estado de profunda exaltación. Después que hubo recibido el viático y la unción de los enfermos, pidió a su hermano el cardenal Giacomo, que la colocaran en tierra, deseando morir pobre como Jesús y el Seráfico Padre San Francisco. Fue complacida, pero sólo por un breve espacio de tiempo, porque estaba demasiado extenuada. Por último pidió que le dieran el crucifijo: habiéndolo besado con intenso afecto, lo mostró a sus hermanas, exhortándolas a amarlo con todas sus fuerzas. Se adormeció un poco y luego volviendo en sí exclamó con vigor: “He ahí a la santísima Trinidad que viene, adoradla!”. Luego, cruzados los brazos sobre el pecho, y fijando los ojos en el cielo, expiró serenamente.
Los funerales se desarrollaron el mismo día, en la iglesia de San Pietro sul Monte Prenestino con gran concurso de pueblo y de todos los franciscanos de la zona. El sepulcro de Margarita se convirtió enseguida en meta de peregrinos, que recibían gracias por su intercesión. Cuando el papa Honorio IV autorizó en 1285 el traslado de su comunidad de clarisas al monasterio de San Silvestre in Cápite de Roma, éstas se llevaron consigo el cuerpo de la beata, que permaneció allí hasta el año 1871. Hoy sus reliquias se veneran en la iglesia de Castel San Pietro, donde la semilla sembrada por Margarita hace más de siete siglos sigue aún viva, gracias a las clarisas del monasterio de Santa María de los Ángeles.
Sus primeros biógrafos fueron su hermano Juan y la primera abadesa de San Silvestre. Pío IX aprobó su culto el 17 de septiembre de 1847.